继杨增新之后主政新疆的金树仁和盛世才；基本上沿用了杨增新的宗教政策，但由于他们既缺乏杨增新的策略和手段，又往往因时因事随意改变政策，结果都不太成功。在他们主政期间，发生了一系列与伊斯兰教相关联的重大历史事件。其中尤以泛伊斯兰主义和泛突厥主义分子所进行的分裂活动给新疆造成的危害最大、遗毒最深。杨增新时期曾采取过一系列措施来严加，防范，较好地遏制了“双泛”在新疆的传播。但是从金树仁执政后，由于政策失误造成社会动荡，“双泛”乘虚而人。国外的“双泛”势力以各种形式和手段向新疆渗透，而新疆的民族分裂分子或在国内或出国接受“双泛”思想，并利用“双泛”进行分裂活动。20世纪30年代，“双泛”分子在新疆掀起了一股“双泛”浊浪。他们大肆鼓吹“我们的民族是突厥，我们的宗教是伊斯兰”，并把这一反动口号作为进行分裂活动的政治纲领，疯狂进行分裂活动。

　　1932年，“双泛”分子穆罕默德·伊敏首先在和阗地区发难，策动墨玉县的二伙“双泛”分子举行叛乱。在叛乱分子攻占和阗后，穆罕默德伊敏就迫不及待地宣布建立和阗“伊斯兰王国”，自封“艾米尔<国王)二世”。1933年，“双泛”分子、阿图什人沙比提大毛拉伙同穆罕默德·伊敏在喀什宣布建立“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，制定了所谓“宪法”、“组织纲领”、“施政纲领”、“各部厅实施办法”。沙比提大毛拉自任伪政府“总理”；其他伪政府成员多为大地主、大商人、反动宗教头目以及“双泛”分子。这些不得人心的分裂政权，由于违背了各族人民的根本利益和愿望；违背历史发展的潮流；必然遭到各族人民的反对，顷刻间也就土崩瓦解，被抛进了历史的垃圾堆。

　　1944年，伊犁、塔城、阿山(今阿勒泰地区)爆发了反对国民党反动统治的“三区革命”。由于当时参加者都是维吾尔、哈萨克族穆斯林群众，还难以摆脱伊斯兰教的束缚和影响，所以领导权很快就被从苏联潜逃到新疆的“双泛”分子艾力汗·吐烈大毛拉为首的反动民族宗教上层所篡夺。在起义群众占领伊宁后，艾力汗·吐烈就迫不及待地建立“东突厥斯坦共和国临时政府”，并担任主席。他公开宣称要在“东突厥斯坦领土上，彻底根除中国的专制统治”，“建立真正自由独立的国家”。艾力汗·吐烈是靠伊斯兰教的外衣蒙骗群众而混进革命队伍并篡夺领导权的，所以他在建立分裂政权后，完全把临时政府视为政教合一的伊斯兰政权，把伊斯兰教作为巩固其地位的重要工具。为了强化伊斯兰教的地位和作用，临时政府专门设立了宗教事务厅，并建立了宗教法庭。宗教法庭受宗教事务厅直接领导，独立行使审判职能，不受各级法院和检察机关的领导和监督。宗教法庭全部由哈孜(宗教法官)组成，设有庭长、审判员、法警等。宗教法庭不仅有审判权，还兼有公安机关逮捕人的职能。宗教法庭实行一审判决，凡经宗教法庭判决的案件，当事人没有辩护权和上诉权。至于宗教法庭的审理范围，临时政府的《刑事诉讼程序法》规定：“涉及到有关宗教方面的案件，应由宗教事务厅和宗教法庭裁决。”审判的法律依据是“沙里亚”(伊斯兰教教法)。　　

　　除了利用伊斯兰教控制政权外，艾力汗·吐烈还特别重视利用伊斯兰教加强对军队的控制。他在军队中派驻神职人员，团一级设一名专职宗教副团长，负责组织和领导该团的宗教活动；连一级设有专职阿訇，主持士兵的日常宗教活动，并在打仗时负责以“圣战”精神鼓动士兵为真主而战。

　　艾力汗·吐烈的分裂主义和泛伊斯兰主义的行径，扭转了三区革命的方向，给革命造成了极大的损害。他的倒行逆施，始终受到阿合买提江和阿巴索夫为代表的革命进步力量的反对和抵制。随着艾力汗·吐烈真实面目的逐渐暴露和革命进步力量的不断发展壮大，三区革命内部两种力量的对比也逐渐发生了变化，代表正确路线的阿合买提江等进步力量最终战胜了以艾力汗·吐烈为首的分裂势力，掌握了三区革命的领导权，纠正了前期的错误，使三区革命重新回到正确的道路上来。在阿合买提江、阿巴索夫领导下的三区革命的进步力量与各族人民一道，共同奋斗，在中国共产党的领导下终于推翻了国民党在新疆的反动统治，迎来了新疆的和平解放。　　

　　利用宗教进行分裂，是新疆近代史上一个突出的特点。利用宗教进行分裂，无一逃脱失败的命运，这是历史发展的规律。穆罕默德·伊敏、沙比提大毛拉之流及其所建立的分裂政权，早已被历史的车轮碾碎。但是，他们所鼓吹的泛伊斯兰主义和分裂思想在新疆的流毒和影响却一直没有肃清。他们的后继者还会利用泛伊斯兰主义，或伊斯兰世界的其他宗教政治思潮来进行分裂活动，但像老牌民族分裂分子一样，历史同样会无情地注定他们必然失败的命运。