1911年，孙中山领导的辛亥革命推翻了清朝的封建统治。清朝在新疆的统治崩溃后，军政大权落人了原镇迪道尹兼提辖使杨增新手中。杨增新出生于多民族聚居的云南，从甘肃开始其官宦生涯，后又在新疆长期任职，对处理民族和宗教问题特别是伊斯兰教问题具有丰富的经验。杨增新统治新疆期间，始终把宗教政策作为治理新疆基本政策的重要组成部分。他吸取清朝宗教政策的经验和教训，结合他本人在甘肃和新疆期间处理宗教问题的经验，制定了利用与限制相结合的宗教政策。他认为，在新疆这个穆斯林人口占绝大多数的地区，不利用伊斯兰教的势力和影响，就难以维护其统治；但是如果不加限制，就可能失控，被他人利用，从而威胁其统治。这就是他所说的“善驭之，则为我用；不善驭之，则为人用”。“驭之”的诀窍，就在利用与限制。　

　　杨增新利用伊斯兰教主要有两大措施。一是笼络和利用宗教人士。杨增新认为，穆斯林最听阿訇的话，他们对阿訇的尊敬和服从甚至在掌权者之上。阿訇在约束、控制教民，维持地方治安和社会秩序方面，具有地方官员所起不了的特殊作用。因此，不利用他们就“无以维持现状”，而利用他们就要给予他们政治上的利益。基于这一认识，杨增新赋予阿訇协助官府处理民事和部分刑事案件的权力。此举不仅提高了阿訇的地位，也给了他们利用这一权力“受贿唆讼”，借以捞取经济实惠的条件，从而使他们心存感激而忠实地为杨增新服务。在杨增新镇压哈密起义时，一批又一批的宗教人士不辞艰险，深入到义军所在的深山老林，向起义的首领和群众劝降，为最终瓦解义军发挥了特殊的重要作用。二是建立“回队”。回队士兵全部由回族和维吾尔族穆斯林组成，各级军官也由穆斯林担任。这是杨增新“以夷制夷”策略的具体体现。回队是杨增新镇压穆斯林的反抗，维护和巩固统治的一个有力法宝。　

　　水可载舟，亦可覆舟。杨增新在利用伊斯兰教的同时，也时刻注意防止伊斯兰教被人用来威胁他的统治。因此，他对伊斯兰教采取了一系列限制措施：规定宗教活动只能在宗教活动场所公开进行，不准私开道堂和在家中聚众念经；只准一家人在自己家中团聚礼拜，不准外人参与；只准原有教派合法活动，不准“另立教派”、“私立门户”；保持现有清真寺，不准擅自添建新寺；严禁跨地区传教。规定阿訇只能在本地传经布道，不准去外地传教，不准内地阿訇来新疆传教，严禁外国人在新疆传经布道，从事宗教活动；为防止宗教人士干预政治，操纵地方政权，同时防止地方官吏与宗教人士私相勾结，为害地方，规定阿訇的任免只能听凭教民自主决定，严禁地方官吏“验放”，更不准“卖放”；严格限制出国朝觐，规定出国朝觐的护照只能由外资机关发放，并要呈报杨增新本人核准，各道、县不得擅发。办理护照除必须交护照印花税外，还需另交喀票银六百两。　　

　　由于杨增新的宗教政策比较适合新疆的实际，因此实施的效果比较好。对宗教的利用争取了宗教界的支持和合作，缓和了同穆斯林的矛盾，既有利于维护其统治，也有利于社会的稳定。其限制措施对于保证宗教在规定的范围内正常地开展活动，防止宗教干预政治、司法，以及利用宗教进行危害其统治和社会的活动；防止宗教势力与地方官吏相勾结，控制地方政权，为害地方；对于控制宗教、遏制宗教势力的非正常发展和恶性膨胀；对抵制外国宗教势力干预新疆宗教事务和利用宗教进行渗透，特别是遏制泛伊斯兰主义在新疆的传播等等，都有着积极的作用。