盘踞在喀什噶尔的割据政权头目思的克，为了利用和卓的影响来扩大自己势力，竟然要求中亚的浩罕汗国放回张格尔和卓之子布素鲁克和卓。在浩罕汗国的支持下，浩罕汗国的军官阿古柏纠集一伙亡命之徒，与布素鲁克和卓于1865年1月入侵喀什噶尔。不久，阿古柏就利用布素鲁克和卓的影响扩大了自己的势力，将思的克驱逐出喀什噶尔，取得了入侵新疆后的第一个立足点。接着，他又打着伊斯兰教的幌子，以武力和阴谋手段兼并了叶尔羌、和阗的割据政权。据说他率军抵达和阗时，以红绸包着砖块充当《古兰经》，对和阗的割据头目哈比布拉抱经宣誓说，他来和阗只是为了借道去民聿朝拜加帕尔·萨迪克麻扎。在骗取哈比布拉的信任后，当晚就发动突然袭击，攻占了和阗城。到1867年，阿古柏已基本占领南疆，并建立了所谓“哲德沙尔”（七城）侵略政权。此时，布素鲁克和卓已完全失去了利用的价值，阿古柏便把他赶到国外去了。

　　阿古柏所以能在短短两年多的时间内，从入侵新疆到建立起侵略政权，主要有两个原因。其一是新疆的割据混战为其各个击破创造了条件，其二是利用了伊斯兰教。阿古柏打着“同宗同教”的幌子，使许多重宗教感情的穆斯林群众上当受骗，不是把他看成侵略者，而是把他当作自己的“穆斯林兄弟”。从一定意义上说，利用伊斯兰教有时远胜于使用武力。阿古柏深谙其中奥秘，而且运用纯熟。在建立侵略政权后，阿古柏更把伊斯兰教作为维护其反动统治的重要工具而大力予以扶植。阿古柏扶植伊斯兰教的主要措施是：

　　（一）强制推行伊斯兰教教法。为了保证教法的执行，在城乡普遍建立了宗教法庭，并强化其职能，规定一切宗教、民事和刑事案件的诉讼、审判，只能以宗教的方式，由宗教法庭处理；恢复“拉伊斯”（宗教警察）制度，规定拉伊斯除监督教规、教法的执行外，还有权处理一些小的案件。挂着教鞭的拉伊斯随时出现在城乡各地，对一切他们认为有违反．教规行为的人进行鞭笞（音斥 chi）。他们甚至随时随意闯进民宅，检查居民是否有违反教规的行为。拉伊斯的残暴行径，使穆斯林群众把他们视为洪水猛兽，所有遇到他们的人莫不心惊胆寒。　　

　　（二）强化天课制度。在阿古柏统治的地区，天课成为无所不包的赋税制度。以天课名义征收的赋税，不仅名目繁多，而且税率漫无定准”，由征税人任意征取。税吏多如牛毛，他们任意征税，所征税额往往高出应征数额三倍以上。一个佃农经过层层盘剥，在纳税和交完地租后，剩下的已不是天课所规定的9／10，而是1／4。　　

　　（三）扶持和发展寺院经济。阿古柏为了笼络上层宗教人士，除了给予他们政治上的种种特权和荣誉外，还给予他们经济上的好处。他把从前属于寺院的土地豁免了规定的赎金，归还给寺院，并把掠夺来的土地“赏赐”给清真寺、麻扎和经文学校做瓦合甫地。在阿古柏的扶持下，南疆地区伊斯兰寺院经济迅速发展，成为当时封建经济的重要组成部分。　

　　（四）大规模修建和扩建宗教建筑。为了表示自己对宗教的虔诚和热情，阿古柏在其统治期间，在占领区内大规模修、扩建清真寺、麻扎和经文学校。现在南疆地区一些著名的清真寺和麻扎，如艾提尕尔清真寺、阿帕克和卓麻扎、萨图克·布格拉汗麻扎、额什丁和卓麻扎、加帕尔·萨迪克麻扎等等，都是由阿古柏亲自下令扩建的。阿古柏在大修麻扎的同时，还带头朝拜麻扎，使麻扎朝拜之风愈演愈烈。　　

　　（五）强迫不信仰伊斯兰教者加入伊斯兰教。阿古柏在其占领区内强迫不信仰伊斯兰教的人改信伊斯兰教，拒不改信者就要被杀头。据当时在喀什噶尔的英国人估计，约有四万人为此而丧生。更多的人为免于一死，不得不改信了伊斯兰教。仅喀什噶尔新城，一次就有3000余名满、汉官兵、妇女和儿童被迫集体加入了伊斯兰教。当时，南疆地区出现了一大批被称为“英吉穆斯林” （新人教的穆斯林）的人。　

　　阿古柏大力扶持伊斯兰教，企图利用伊斯兰教来维护和巩固其侵略政权的反动统治。但同一切侵略者一样，伊斯兰教也没能挽救他必然失败的命运。1876年，清军开始了驱逐阿古柏匪帮的战争。在新疆各族人民的支持和配合下，清军仅用了一年多的时间，就基本收复了失地。失败后的阿古柏集团内部发生了激烈的内讧，阿古柏被其部下打死，结束了这个侵略者罪恶的一生。阿古柏的失败绝不是政策、策略的失误，而是由其侵略的性质所决定的。