清朝统一新疆后，为了防止宗教上层利用宗教危害国家的统一和清朝在新疆的统治，维护新疆社会的稳定，针对世俗政权长期受到宗教势力干预的历史与现实情况，在“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的基本政策下，对伊斯兰教实行了政教分离的政策。

　　清政府的政教分离政策主要包括两方面的内容：其一是禁止宗教干预政治、干预司法。清政府规定，凡是有阿訇身份的人，一律不得在政府任职，更不能当官掌权。只准许阿訇念经礼拜，从事正常的宗教活动，而不允许干预行政事务。如阿訇的子弟中有在政府当差或当官的，也不允许再兼任阿訇，以防止阿訇利用亲属参与或干预行政。对属于宗教上层人士的大阿訇，则规定要由地方行政长官“遴选保举”，以保证对宗教上层的控制。在和卓统治时期，政教合一，宗教上层权力很大，干预政治问题十分突出。如每年开斋节的第一天，阿訇就乘阿奇木伯克(地方行政长官)赴礼拜寺礼拜之机，对阿奇木伯克的政绩进行评议，“以为贤者留之，以为某事无道，某某事尤无道，则与回众废而杀之”。这就是说，宗教上层对政府事务有评判的权力，并且对不符合他们要求的政府官员有生杀大权。正是这种权力使他们控制了各级政权。在政教分离政策实施初期，宗教干预政治的现象仍时有发生。如在叶尔羌官员控告阿奇木伯克时，第一个署名的就是阿訇。清政府对这一事件十分重视，乾隆皇帝过问此事，他再次叨确规定，今后政府的一切事务只能由阿奇木伯克处理，“阿訇不得干与”，并要求新疆官员让所有百姓都知道这一规定。　

　　在防止宗教干预司法方面，清政府针对过去政教合一的具体情况，采取了循序渐进的策略。新疆统一之初，清政府只是规定谋反、谋叛等重罪，必须按照清朝的法律处理，宗教不得干预。一般的刑事、民事案件则可由宗教法庭依照伊斯兰法律和民族习惯法处理。后来逐渐把刑事施法权收归政治，规定在刑法方面必须执行清朝的法律。宗教法庭继续予以保留，但只负责处理民事案件。清朝在新疆司法制度上的改革，实际上是一种司法双轨制，虽然这一改革不够彻底，存在许多弊端，但是对于刚刚摆脱和卓政教合一统治的新疆社会来说，还是比较稳妥和有效的，对于保证实现新疆的政教分离和防止宗教干预司法，发挥了积极而重要的作用。

　　其二是政府不干预宗教内部事务。伊斯兰教内部因不同的观点历来就分为许多派别，而教派斗争也几乎贯穿整个伊斯兰教的历史。新疆白山派和黑山派就进行了长达几个世纪的流血冲突。但是，不管教派矛盾多么尖锐，只要没有危害到社会的稳定和人民生命财产的安全，它仍然只是宗教的内部问题。所以清政府要求各级官员不得介入教派之争，在选拔官员时不得以教派划界，而要以政治态度为取舍标准。对于白山派和黑山派，清政府认为他们“原无分于种类”，后来虽然“自分种类”，但那也只是他们自己的事，只要他们拥护清朝的统治，无论是白山派还是黑山派，都应当一视同仁，立有战功或政绩的，皆予以重用。即使是白山派的和卓，如额色尹、图尔都、鄂托兰珠和卓等，因反对大小和阜叛乱，并在平叛中立有战功，清政府按功行赏，照样给他们封官晋爵。黑山派中有反对清朝统治的，照样予以严惩，如黑山派阿訇孜牙墩就因率众暴动而被凌迟处死。白山派和卓张格尔叛乱后，一些新疆官员要求改变对白山派和黑山派的态度，在黑山派中选拔伯克。道光皇帝认为这样会使两派“更相猜疑，别生衅端”，危害清朝的统治，因此予以否定。后来随着和卓后裔的不断叛乱，清朝政府才改变了这一政策开始支持黑山派，压制白山派，并有意识地制造和利用两派矛盾，造成不良的社会后果。