1755年，清军平定准噶尔部达瓦齐叛乱后，决定把原来被准噶尔羁押在伊犁的白山派和卓阿合玛特的长子、大和卓波罗尼都派回南疆，利用其家族的传统影响去招服维吾尔人，以实现对南疆的和平统一。波罗尼都在清军的支持下迅速占领南疆，灭亡黑山派和卓政权，黑山派和卓势力从此退出政治舞台。波罗尼都在收复南疆后立即宣布，天山南路从此进入“可汗秦(指清朝皇帝)的时代”。不久，因参加准噶尔部阿睦尔撒纳叛乱的小和卓霍集占在叛乱被平定后潜逃到南疆，煽动波罗尼都背叛清朝，于1757年发动了武装叛乱，史称“大小和卓之乱”。1759年，清军在新疆各族人民的大力支持和配合下，平息了这场历时两年四个月、波及南疆大部分地区的叛乱。大小和卓在逃亡到巴达克山时，被当地群众擒杀。波罗尼都对听从霍集占煽动背叛清朝十分懊悔，临死前留下遗言说。死后决不允许把他的尸体和霍集占埋在一起。

　　19世纪上半期，不甘于失败的和卓后裔先后．发动了“张格尔和卓之乱”、“玉素甫和卓之乱”、“七和卓之乱”、“倭里汗和卓之乱”等多次叛乱。这些以建立独立的政教合一的伊斯兰政权为目的的叛乱，均以失败而告终。　

　　和卓政教合一的统治及其后裔的叛乱，是违背历史潮流的，也是不得人心的。据伊斯兰史料记载，那些作为教主的和卓都是一些凶狠残暴、荒淫无耻之徒。他们为了利用宗教掩盖其真实面目，维护其政教合一的统治，往往提高伊斯兰教的地位和作用，特别重视宗教法庭的建设和伊斯兰教教规、教法的执行。他们派出大批宗教警察，手提教鞭随时监督穆斯林群众是否遵守教规、教法，是否按时去清真寺礼拜，妇女是否戴面纱，违规者轻则鞭打，重则送交宗教法庭。而在穆斯林群众去礼拜时，他们却跑到穆斯林群众家里奸淫人家的妻女。他们横征暴敛，疯狂掠夺，过着花天酒地、醉生梦死的奢侈生活，而广大穆斯林群众则生活在饥寒交迫、水深火热之中。据说他们几乎把群众的一切都搜刮殆尽，一些穆斯林群众只好把隐藏下来的一点粮食和锅远远地埋在戈壁滩里，晚上再偷偷跑到那里去做点吃的。实施鞭笞、断手、刖(音月yue)足、杀头等酷刑，在他们如家常便饭，甚至是一种享受。“倭里汗之乱”的叛乱头目倭里汗和卓，就是一个杀人狂。他喜爱的消遣之一就是亲手砍下冒犯者的头。在他面前，一个不慎的动作、一句话、一个哈欠，都会招来杀身之祸。杀人如麻的倭里汗，在占领喀什噶尔后，用他亲手所杀的人头在吐曼河边垒起了几座“人头塔”。穆斯林群众对清朝的统治不满，但他们更恨那些惨无人道的和卓。所以，在和卓后裔叛乱时，他们盼望清军犹如大旱之盼云霓，希望清军早早到来平定叛乱。平叛清军到来后，捐款捐粮，并参加或配合清军打击叛军。和卓后裔叛乱的一再失败，根本原因是他们失去民心，早巳被人民所唾弃。随着和卓后裔叛乱的一次次平息，和卓家族势力最终退出了新疆的政治历史舞台。清朝平定和卓后裔的叛乱，维护了国家的统一和新疆的社会稳定，维护了各族人民包括广大穆斯林群众的根本利益，也剪除了和卓势力，消除了危害新疆社会的一个毒瘤和重大隐患。　　

　　玛合图木·阿杂木和卓家族势力兴衰的历史证明，世俗统治者对伊斯兰教上层势力的过度依赖，必然助长伊斯兰教上层势力的恶性膨胀和世俗政权的削弱；伊斯兰教上层势力的非正常发展乃至恶性膨胀，最后必然侵夺世俗权力，而一旦他们掌握权力，则必然建立中世纪式的政教合一的伊斯兰政权，把社会拉向倒退；在他们失去权力后，必然利用其宗教影响，以百倍的疯狂企图夺回失去的权力，造成社会的剧烈动荡，给各族人民包括穆斯林群众带来更加深重的苦难。伊斯兰教上层势力建立中世纪式的政教合一的伊斯兰政权，逆历史潮流而动，违背各族人民的共同心愿和根本利益，其失败也是历史的必然。这是历史已经证明并将继续证明的社会发展规律。