伊斯兰教在新疆的传播过程中，世俗统治集团与伊斯兰教上层结成了相互配合、相互利用的密切关系。伊斯兰教上层依靠世俗统治者的支持，扩大了伊斯兰教的传播范围，排斥了佛教势力，使伊斯兰教最终成为新疆的主要宗教。传播范围的扩大，信教群众的增加，壮大了伊斯兰教上层势力，使这股势力作为新疆的一种宗教政治力量开始登上了历史舞台。世俗统治者在伊斯兰教上层的配合下，打着伊斯兰“圣战”的旗号，煽起士兵的宗教狂热，攻城掠地，扩大了统治地盘，维护了统治权威，巩固了权力和地位，加强了对穆斯林群众的统治。随着伊斯兰教成为新疆的主要宗教和伊斯兰教上层势力的日渐强大，世俗统治者为了取得伊斯兰教上层势力的支持，不断赋予他们种种政治和经济特权。结果使伊斯兰教上层势力不断发展和膨胀，并开始利用他们的特殊地位和权力谋求更大的政治、经济利益，并进而发展到推翻世俗政权建立由他们执政的政教合一的伊斯兰政权。这就是伊斯兰教上层势力在新疆崛起的历史轨迹。　　

　　伊斯兰教成为新疆的主要宗教后，以和卓家族为代表的伊斯兰教上层势力便逐渐兴起。“和卓”也写成“霍加”、“和加”、“火者”等，原来的意思是“主人”、“显贵”，后来专门用来指称伊斯兰教创始人穆罕默德的后代，穆斯林也称为“圣裔” (圣人的后裔)。伊斯兰教中关于“圣裔”的说法很多，也很复杂，这主要是因为真正的“圣裔”并不多，那些为抬高自己的身份和地位而自称“和卓的人不得不编造家族的历史。这些和卓虽然是假的，但是一般穆斯林群众却很难识破，这种伪造的身份也就为他们带来了意想不到的政治、经济利益。于是在中亚伪造和卓身份的人越来越多，有的村子全村人都是和卓，村名也叫”和卓村”，所以有人说中亚的和卓多如牛毛。由于和卓太多，不可能都出人头地，跻身上流社会，所以这些假和卓们便纷纷离开中亚去谋求发展。伊斯兰教成为新疆的主要宗教后，这个新开辟的伊斯兰地区就成了他们实现野心的理想之地。特别是在额什丁和卓家族取得成功后，中亚的和卓便如过江之鲫纷纷来到