伊斯兰教传人新疆大约在1O世纪初，即我国唐末至五代时期，比中原地区晚了两个多世纪，这与先期传人的佛教、袄教、摩尼教、景教等先传人新疆再继续东传中原的情况有很大不同。其主要原因是阿拉伯的军事征服活动在中亚先后受到唐朝和突厥人的阻遏，使主要依靠武力传播的伊斯兰教没能继续东传。后来，阿拉伯在中亚的统治崩溃，由中亚地方封建主建立的伊斯兰政权萨曼王朝向喀喇汗王朝的武力传教活动又屡屡受阻，再次延缓了伊斯兰教向新疆传播的进程。　

　　萨曼王朝和喀喇汗王朝是公元9世纪中后期在新疆西部至中亚一带建立的两个；毗邻的地方政权。初期，这两个政权保持着比较友好的关系，但是不久就随着萨曼王朝对喀喇汗王朝的“圣战”而逐渐恶化。公元893年，萨曼王朝攻占喀喇汗王朝的副都怛逻斯城(今哈萨克斯坦江布尔城。怛，音达da)，俘获了副可汗奥古尔恰克·卡迪尔汗的妻子和1.5万名士兵，并将其中的1万人杀死，把这里的基督教教堂改建成伊斯兰教的清真寺。奥古尔恰克·卡迪尔汗逃往喀什噶尔，并把这座城市定为喀喇汗王朝的副都。

　　怛逻斯之，战的失败，使奥古尔恰克·卡迪尔汗更加仇视伊斯兰教。但是，他后来为了利用萨曼王朝的内部矛盾，收留了因内讧失败而寻求避难的萨曼王朝王子纳斯尔·本·曼苏尔(民间传说中为艾布·纳斯尔·萨曼尼)，并委任他为阿图什的行政长官。纳斯尔在阿图什期间，施展“牛皮巧计”，在阿图什修建了新疆历史上的第一座清真寺。他利用同奥古尔恰克的友好关系和后者对他的信任，请求奥古尔恰克能给他一块牛皮大小的地方，让他建一座清真寺，使他能够在里面礼拜真主。在得到奥古尔恰克的同意后，他回到阿图什立即宰杀了一头牛，把牛皮割成细条并连接起来，然后用它围了很大一块地，在上面建了一座大清真寺直到公元14世纪前后，这座大清真寺在新疆还十分著名。纳斯尔还成功地劝说奥古尔恰克的侄子萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教。萨图克·布格拉汗是大汗巴泽尔·阿尔斯兰汗的次子。相传他幼年丧父后，与其母随叔父奥古尔恰克生活。后者曾许诺将来把权力交给他，但萨图克长大后并没有得到权力，因此十分不满。纳斯尔的到来为他提供了夺取权力的时机。萨图克自从认识纳斯尔后，便经常去阿图什，在这里他见到不断从中亚来的穆斯林商人，并从他们的宗教活动中对伊斯兰教开始有所了解。后来在同纳斯尔的交往中，萨图克学到了有关伊斯兰教的许多知识，对伊斯兰教有了更多的了解，于是决定接受伊斯兰教，并取了一个“阿不都·克里木”的教名。由于喀喇汗王朝禁止居民接受伊斯兰教，萨图克保守了入教的秘密。萨图克接受伊斯兰教的目的并不只是出于对伊斯兰教的虔诚，也不只是为了满足自己的精神需要，而主要是为了利用伊斯兰教夺取权力。所以他入教后即令其侍从人教，并开始积极而秘密地在王室成员特别是青年中发展信徒。据伊斯兰史料说，经过多年秘密活动，到萨图克25岁时，在他周围已“集合了三百可失哈耳(喀什噶尔)的骑兵。他还得到费尔干纳的入侵者的支持，于是他们总计达一千人。他们最早攻占阿忒八失；之后他们的人数变成三千骑兵。于是围攻可失哈耳，并以伊斯兰征服了那里，挫败了专制集团”。萨图克终于利用伊斯兰教实现了自己的政治目的，推翻了奥古尔恰克·卡迪尔汗的统治，夺取了政权，称号“布格拉汗”(公驼汗)，成为喀喇汗王朝第一位接受伊斯兰教的可汗。阿图什大清真寺的建立和萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教，标志着伊斯兰教已传人新疆。　　

　　萨图克·布格拉汗执政后，立即宣布伊斯兰教为喀喇汗王朝的合法宗教，并号召人们放弃旧的宗教，改信伊斯兰教。喀喇汗王朝当时流行的主要宗教是佛教，信仰祆教、摩尼教、景教和萨满教者也很多。为了使人们尽快皈依伊斯兰教，萨图克·布格拉汗在采取强制手段的同时，也展开了宣传攻势。萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教被说成是受到“神的启示”，是“真主的安排”，并宣传说突厥人的祖先就是伊斯兰教的“先知”。当时萨图克·布格拉汗推行伊斯兰教的最大障碍是不信伊斯兰教的大汗。为了排除阻力，萨图克·布格拉汗第一次打出了伊斯兰“圣战”的旗号，于公元942年发动了对大汗的战争，打败了大汗，攻占了喀喇汗王朝的首都八拉沙衮。但是，萨图克·布格拉汗终其一生也没有能把伊斯兰教推行到喀喇汗王朝全境。公元955年，萨图克·布格拉汗去世，被埋葬在他开始入教的阿图什，其墓至今尚存。