十一世纪由玛尔巴译师和米拉日巴师徒传承下来的教派称为噶举派。由于这个教派在传承密宗时注重师徒口耳相传，故有噶举之称。米拉日巴作为一个著名的宗教实践家，为该派的传播和形成做出了很大的贡献。他以宽容的态度对待西藏传统的本教仪轨，并把本教的某些仪轨和术语经过改造注入佛教，为发展独具特色的噶举教派打下了坚实的基础。自米拉日巴起，专居荒寂进行苦修成为该教派的一大特色。许多僧侣终身留发，头顶发髻，常进山洞修行。他们修法以修身为主，通过“拙火定”入手，然后修“那饶六法”，进入“空乐无别”等境界，这种境界称作“大印”。米拉日巴因修拙火定有所得，故称“日巴”。他的大弟子塔波拉杰融合噶丹派的教法和米拉日巴的密法，以传“大印”为主，形成了自己的体系，创立了有名的达波噶举。从达波噶举分化出“四大支八小支”，使该教派成为西藏支系最多的教派。但最后保存下来的只有几个支派，即噶玛噶举（分黑帽系和红帽系两派）和止贡噶举、达垄噶举、朱巴噶举等。每一个支派以一个主要寺院作为据点和中心，这就叫母寺或主寺。如噶玛噶举以拉萨北部楚布寺为主寺，达垄噶举以拉萨北部的达垄寺为母寺，止贡噶举以墨竹工卡附近的止贡寺为主寺，康区以德格的八邦寺为中心寺院。在羊卓雍措南面的桑顶寺是西藏唯一女活佛转世的噶举派寺院。此外该教派在西藏首先采取了活佛转世制度。    

    （3）公元一零七三年，昆·衮曲杰波创建萨迦寺，由此形成萨迦教派。又因此派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三条纹，俗称花教。该教派的教主由家族世代相承，不禁娶妻和生儿育女。有血统和法统两支传承，修习显密二法，而以密法传承，至元代萨迦派势力最盛，第五祖八思巴被元世祖忽必烈封为帝师，统领西藏三十万户，执掌西藏的政教大权。政教合一的统治由此教派开始。对西藏社会伦理道理和思想产生很大影响的《萨迦格言》就是出自该教派著名的佛学家萨班·贡噶坚赞。    

    （4）西藏佛教“后宏”期初期，学法僧人中曾出现过显密分歧的混乱现象。十一世纪，阿里古格王朝喇嘛曲俄从印度迎请阿底峡尊者入藏。阿底峡在藏十七年，遍历阿里、聂当、拉萨、彭波等地传播佛教，并作《菩提道灯论》，阐明显密教义不相违背之理。他死后由其弟子仲敦巴等传其衣钵，建立热振寺，创立噶丹教派。主张修行循序渐进，先学显宗后学密宗，显密结合。后来的格鲁派继承噶丹派的衣钵，原属于噶丹派的寺院逐渐变成了格鲁派的寺院，从而噶丹派作为格鲁派的前身不再独立存在。    

    公元十五世纪初叶，西藏最后一个教派产生了。该教派的创立者宗喀巴针对当时佛教各教派戒律废弛，僧人追逐世俗权势财富等情况，倡导以噶丹派教义为基础，主张僧侣严守戒律、崇尚苦行、独身不娶、脱离农事，教义上强调显密次第，先显后密，循序渐进地学习。在政治上把整个西藏农奴阶级作为自己的施主，学习制度上，打破宗派和地域门户之见。于是以宗教改革为旗帜的格鲁派在雪域西藏奇峰突起，以压倒群雄之势，很快风靡高原，得到一般人的信仰。在众多封建领主的支持下，格鲁派势力迅猛发展，最终成为西藏占绝对优势的藏传佛教的著名教派。宗喀巴在世时，亲自创建了甘丹寺，所以，该教派又称甘丹派。又因宗喀巴和他的弟子们为区别于旧的各教派而头戴黄帽，故又俗称黄教派。该教派也采用活佛转世系统，达赖和班禅是该教派中最大的两大活佛转世系统。公元十七世纪五世达赖执政之时，在清廷的大力扶持和蒙古人的积极支持下，格鲁派走上全西藏的政治舞台，建立了以达赖为首的噶丹颇章政府。从此几百年里，该教派凭借手中政权的强大威势，排斥其他教派，发展自己教派的势力，扩大寺院组织，建立寺院经济体系。大量扩充僧民人数，形成了一个遍布藏区各地的庞大的政教集团网络，颇有“统治天下”之势。据《黄琉璃史》载，仅一六九四年至一七三三年四十年内黄教僧侣人数从134488人增长到221742人。增长率高达65%。到乾隆二年（1737年）格鲁派达赖系统所属寺院有3150座，僧侣342560人。班禅系统所属寺院已达到327座，僧侣13670人。著名的格鲁派寺院有西藏的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺（这三个寺俗称三大寺）、扎什伦布寺（班禅的驻锡寺院）、青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺等，其中甘丹寺是宗喀巴所亲建，又有宗喀巴及其法座继承者九十多辈甘丹池巴的灵塔，因此宗教地位最高。该派各大寺院不但建筑宏伟、金碧辉煌，而且僧人众多，势力雄厚。五十年代，哲蚌寺号称拥有7700喇嘛，并占有耕地51000多克，牲畜三万头以上，农、牧奴共两万多人。在政治上三大寺的上层喇嘛可以直接参加西藏地方政府，而且在历代达赖死后或达赖幼年时主持西藏地方政府的工作，参予各种重大决策。因此，格鲁派虽然形成最晚，但发展最快，势力最大，影响最深。甚至打破民族界限，传入外民族和外国，形成多民族信仰的教派。    

    2、活佛转世制度    佛教在西藏化的过程中形成了“活佛转世”这个独特的历史传统。活佛转世是西藏社会进入封建农奴制社会以后，佛教僧侣集团为解决其宗教首领的传承继嗣问题，依据佛教灵魂不灭、轮回转世的理论而建立起来的一种特殊制度。开始于公元十三世纪的噶玛噶举派，兴盛于格鲁派兴起以后。早期佛教各派实行师徒衣钵传承或采取家族世袭制。如昆氏贵族创立的萨迦派把家族世袭与宗教首领的传承相结合，经此巩固其封建统治，宗喀巴创立的格鲁派严禁僧人结婚，在这种情况下，转世制度应运而行，能成家立业的世俗贵族可以父传子，世代相继。不能娶妻成家的高僧又如何使包括土地在内的财产世代相传，如何使其佛学代代不断？活佛转世制度很好地解决了这些问题。西藏大大小小有几千座寺院，每个寺院都有“朱古”、“堪布”、“格西”等上层僧侣。他们中大部分都是领主阶层，既有宗教地位、政治地位，也有经济特权和财产继承问题，他们死后多数都可以寻觅“灵童”作为转世。于是西藏出现了众多的大小活佛。清代仅西藏本部达赖喇嘛所属的大活佛就有二十九名，小活佛九十名。