然则也有的学者认为自称“本波”的宗教，事实上与佛教的噶举、萨迦等教派同时出现于公元十一世纪，它与古代的“本教”不是一回事，也不存在承先继后的传承序列关系。总之，经过历代巫教大师们有意识的努力吸收佛教的内容，不断地进行改造本教的活动，逐渐使本教在与佛教相互融合中向着经典化、哲理化和系统化发展，俗称“系统本教”，实为佛教化的本教。    

    佛教化的本教开始有了成文的经典，如《钥匙》、《多推》、《光荣经》等都是比较著名的本教早期经典。同时本教还模仿和借鉴佛教，汇编了据称是郭巴辛饶亲自传授并经历代本教大师不断埋藏和发现而形成的本教大藏经《甘珠尔》和《丹珠尔》。并塑造了类似释迦牟尼的至高无上的现成佛——郭巴辛饶，又称辛饶米俄切。他被尊称为“导师”，“教主”和“觉悟者”。公元十五世纪，本教中还出现了类似宗喀巴的著名宗教领袖人物西饶坚赞（公元1356—1415）。与此同时，本教选择完全有组织的形式出现在藏区各地。先后出现了卫藏的曼日寺、雍仲林寺以及藏东的顶庆寺、朗辛寺等。这些寺院都成为晚期本教的修炼中心，据一些资料介绍，在本教影响较大的工布和波密等地，本教寺院多达三十多个，信仰本教的人约有三万人以上。寺院的僧人多则几百，少则几十人，他们与佛教僧人一样过着出家、受戒、习经、修行等日常的寺院生活。寺院中也设有活佛、赤巴、堪布、格贵等职称和职务，并每年举行传大召等与佛教各派基本相同的宗教活动。除了一些专用名词和术语而外，与佛教已没有什么明显区别了，无论是崇拜的神、还是教义和仪式，往往只有名称上的差别。如本教也供奉三宝，即敦巴西饶、雍仲、本波(佛教的三宝是佛、法、僧)；佛教的正觉，本教称为辛日，法身名为本古、报身名为贡杜桑布，化身名为斯巴桑布、阿罗汉名为辛赛。上师名为温色，十地名为智麦协吉萨，菩提萨陲名为雍仲萨陲，空性名为阿其尼、本尊神般若佛母名为萨智艾桑等等。    

    在教义方面本教在与佛教的相互渗透中，吸取了无尝、业果慈悲菩提心、十地、六婆罗密等佛教的一些基本教义来充实本教，出现了轮回、苦缔、觉悟、解脱、涅槃等基本的宗教观念。本教把其教义划为九乘即“四因乘”和“五果乘”。有的学者对本教的“九乘”与佛教宁玛巴的“九乘”进行了比较详尽的比较，认为其中“五果乘”的教理在很大程度上取采于佛教宁玛巴的九乘理论。无论本教还是宁玛巴都为最终证得阿罗汉果而修行，通达两种无我。并认为大圆满法是生死解脱的最方便。就本教的仪式而言，杀牲献祭是最古老的仪式，然而佛教化的本教已放弃杀牲，用像征性的模型实物代替了活的生命，被佛教所接受。    

    尽管如此，但本教毕竟是在西藏固有的宗教基础上发展起来的，因此佛教化的本教仍保留着一些自身的特点，与佛教有所不同。如被称为“恰纳池巴”的黑派系统的教理和仪式，仍然保留古老本教的传统，注重占卜吉凶、崇尚咒术、召福聚财、驱鬼治病、呼风唤雨，祈福穰祓等法术。本教徒转经（包括转经筒）和朝圣时与佛教徒著名的从右至左的顺时针方向相反，向逆时针方向从左至右转动。本教用“嗡嘛咬牟耶萨来哆”八字真言代替了佛教著名的六字真言“口奄嘛呢叭咪哞”。本教徒使用的摇铃犹如一个铜盘呈扁形大口，使用时铃口向上摇动。象征本教的“雍仲”符号与佛教象征吉祥的卐方向相反，标志着永恒和恒固。    

    本教的原生形态虽然在佛教的强大冲击下发生演变，但在广大的民间仍有深厚的社会基础和较大的影响。在一些“天高皇帝远”的边远藏区和其它少数民族地区本教仍保留着它的原生形态特点，例如在西藏南部的珞巴族、门巴族、东部的纳西族和嘉戎藏族地区，早期本教的许多仪式仍然盛行。其中纳西族的东巴教或达巴教被认为是纳西族化的西藏古代本教。四川阿坝洲的本教直到解放前夕仍有杀牲献祭的活动，丹巴一带有的本教巫师一直没有出家入寺为僧，没有脱离生产劳动。