《珍珠诏书》将八思巴置于所有教派和地方领主之上的总的领导者地位，要求西藏僧俗人众通通遵从八思巴的管理。可见它实质上是一份委任状或授权书。从此以后，元朝历代皇帝即位都要踢给帝师珍珠诏书，这成为一种定制。［35］

　　八思巴和恰那多吉走后不久，忽必烈在颁布《建国都诏》（1264年8月）、以上都［36］为都城的同时，改燕京为中都（1272年改为大都），升为都城，年号改为至元；并在，中央政府设置总制院，领之于国师，掌管天下释教和蕃地事务。

　　从当时的情况看，忽必烈命八思巴领总制院事，掌天下释教和蕃地事务，建立西藏行政体制，绝不是象征性或名义上的；认为八思巴以及后来的帝师只是宗教领袖的观点不甚贴切。［37］我们认为，如果说答失蛮借“上师的法旨”和“皇帝的札撒（诏书）”在蕃地建立驿站制度是八思巴协助朝廷在藏区施政的侧面反映的话，那么他1264年获珍珠诏书、领总制院事就是他既为皇室圣职人员，又为朝廷命官，一身二职身份的正式确立。

　　三、建立西藏行政区划——十三万户。阿旺·贡噶索南在《萨迦世系史》里说，八思巴第一次为忽必烈灌顶（1253年）时，忽必烈所献的供养是十三万户。每一万户拉德四千户、米德六千户。［38］实际上当时并不存在十三万户的具体划分，更谈不上拉德和米德的划分。［39］这里记载的大概是后来的史实，也就是说，首先是划分拉德和米德，然后在此基础上划分十三万户。这也正是八思巴1264年返回西藏要完成的建立行政体制的实质内容。

　　八思巴和恰那多吉是次回藏，通过联合各地教派和世俗势力的办法，首先划分了米德和拉德，然后划分十三万户，最后在此基础上建立了西藏地方的最高行政机构萨迦政权。作为掌天下释教和蕃地事务的国师（后为帝师）和总制院使，他自然又是该政权的最高领袖。为了便于具体施政，萨迦政权的最高领导者帝师和萨迦法主之下，还设有本钦、朗钦等重要职官。八思巴为了便于行使自己的政教大权，还设置了由13种侍从官组成的拉章。在这个特殊的环境和时代里，八思巴具有多重身份：一是作为元朝中央政权一名高官的国师（帝师）；二是受元王朝封授的一名封建贵族领主；三是萨迦教派法主。八思巴建立的这套行政制度，始终是在元朝中央政府统治下，遵循既适应西藏社会实际特点又尽量与中原各地行政制度相一致的原则建立起来的。尽管八思巴去世后元朝中央政府又增设了乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，以加强对藏区的管理，但是八思巴所建政制的核心部分并未改变。

　　四、创制“八思巴字”。1267年八思巴应诏返京，八思巴这次返京后的第一件大事，并非真是宣讲佛法和传授灌顶，而是向忽必烈进献他奉诏创制的一种新型的蒙古文字。八思巴受命造蒙古新字的时间，大概应是至元元年八月离京返萨迦的时候。［40］经过数年的努力，到至元六年（己巳，1269年）八思巴自萨迦返京时字成，献之。据说所献字样是用八思巴字所写的一份《优礼僧人诏书》，［41］可见它当时已可使用，在语言学上已达到相当高的科学水平。由于八思巴字在一定程度上填补了元朝一统的一大缺陷，维护了大元帝国的国威，故而也就了却了大皇帝忽必烈的一大心愿！紧接着，忽必烈于1269年2月下诏颁行天下：“朕惟字以书言，言以纪事，此古今之通制。我国家肇基朔方，俗尚简古，未遑制作，凡施用文字，因用汉楷及畏吾字，以达本朝之言。考诸辽、金，以及遐方诸国，例各有字，今文治寝兴，而字书有阙，于一代制度，实为未备，故特命国师八思巴创为蒙古新字，译写一切文字，期于顺言达事而已。自今以往，凡有玺书颁降者，并用蒙古新字，仍务以其国字副之。”［42］也正因为八思巴字成，八思巴国师晋封为帝师！帝师的地位又是无上的。早在1253年八思巴（当时连国师都不是）就与忽必烈约定，听法及人少时，上师可以坐上座；群臣聚会时，汗王坐上座。元朝朝仪形成定制之后，正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐隅。从皇帝到后妃、百官，无一不对帝师顶礼膜拜，恭敬之至。新帝师嗣位，除封赐诰玉印外，还要宣谕天下；新君即位，也要重新布告天下，降诏禀护帝师，而且诏书必须“以粉书诏文于青缯，而绣于白绒，网于真珠，至御宝处，则用珊蝴，遣使赍至彼国，张于帝师所居处。”［43］帝师从藏前来，要倾朝迎接；帝师圆寂，遗骨要派专使护送回藏。元朝只对一、二品级官员宣命王印，而皇帝赐给帝师的全是玉印。在藏区，帝师法旨与皇帝圣旨并行无阻。可见，帝师地位在诸王百官之上；可是，虽然帝师法旨与皇帝圣旨并行西土，但法旨必须以“皇帝圣旨”开头，