中医学中人体生命的根本。其部位至今尚无定论。中医学认为命门蕴藏先天之气，集中体现肾的功能，故对五脏六腑的功能发挥起着决定性的作用。命门一词最早见于《灵枢·根结》篇，但指“目”而言，秦汉以后才赋予它上述概念。

对于命门的形态，有有形和无形之说。如明代孙一奎在《医旨绪余》中指出“命门乃两肾中间之动气”，没有经脉与它直接相联，不是一个具有形质的脏器；而在《难经》等书中则将命门描述为有形的。就位置言，一说命门即右肾，如《难经·三十六难》载“肾两者，非皆肾也，左为肾，右为命门”；二说两肾都称命门，如明代张景岳《类经图翼》称“命门总主乎两肾，而两肾皆属于命门”；三说命门在两肾之间，如《素问·刺禁论》称“七节之傍，中有小心”，即在脊椎从上向下数的第十四椎下，从下向上数的第七椎上的位置。又有明代赵献可《医贯》称：“命门在人身之中，对脐附脊骨，自上数下，则为十四椎；自下数上，则为七椎。”

尽管诸家对命门的形态和位置见解不一，但对其在人体生命活动中的作用都十分重视。认为命门的功能主要有在男子能藏生殖之精，在女子则紧密联系着胞宫，对两性生殖功能有重要影响；命门内含有真阳（真火）、真阴（真水），五脏六腑以及整个人体的生命活动都由它激发和主持。但是，也有人持命门只含真火而不含真水的见解。近代的观点多倾向于命门主要是藏“真火”，称之为“命门火”或“命火”。由于肾脏是“先天之本”、“水火之宅”，所以不论从上述哪种观点来看，命门的功能都与肾脏有十分密切的关系。

在临床应用方面，主要是根据右手尺部的脉的变化来分析命门的盛衰。命门火衰的患者会出现四肢清冷，五更泻，男子阳痿早泄，女子宫寒不孕，舌质淡，脉沉迟等虚寒现象。治疗多采用温补的方法。