清康熙十四年（1675年），将察哈尔部从辽宁义州迁至宣化、大同边外，编为左、右翼八旗。今卓资县境内的西部为察哈尔右翼镶蓝旗。

清康熙二十一年（1682年），在蓝旗营村设立镶蓝旗衙门。

民国十三年（1924年）以后，在蓝旗衙门设立镶蓝旗总管府，领有境内四个半苏木。

民国三十四年（1945年）10月，卓资山第一次解放，在卓资山新民街小学召开各方代表会议，成立镶蓝旗政府，旗政府驻地蓝旗衙门营子（1946年撤离）。民主选举周自然为旗长（蒙）。后由高兴赛（蒙）继任。

民国三十七年（1948年）9月28日，卓资山第二次解放，境内继续实行旗县并存，蒙汉分治。镶蓝旗政府所在地由蓝旗衙门营子迁至今卓资山镇新民街。旗长孟克鄂齐尔，参领额勒珲。

1950年1月，以察哈尔正红旗为中心建立了中心旗制（专署级），镶红、镶蓝旗合并为镶蓝镶红联合旗，联合旗政府驻地为现今卓资山镇新民街。

1954年3月，镶蓝镶红联合旗和陶林县设置察哈尔右翼中旗，属平地泉行政区管辖。