水潦和尚自建庵于宝峰后，当然要礼请师尊来游；而马祖恰恰是个游方四海弘扬禅法的高僧，足迹遍天下。他一生二到宝峰：一是在唐贞元元年（785），他与众徒同游宝峰，马祖陶醉其中，乐而忘返；第二次是在唐德宗贞元四年（788）正月，马祖道一大师再登石门宝峰，悠游山水之间，见“沿壑平旷，顾而乐之”，他相中了宝峰作为归葬之地，而且预言一个月后做一日和尚撞一天钟将圆寂。众僧当时并没有把此言放在心上。

马祖回钟陵开元寺不久，染疾卧床而逝，享寿八十。弟子们遵其生前遗嘱，灵骨归葬宝峰。时任江西观察使的李兼是马祖的皈依弟，举办了盛大的归葬仪式，《宋高僧传》载，在中国佛教史上，马祖的葬礼是继华严宗法藏大师归骨嵩山、净土宗善导大师瘗塔秦岭之后的佛门第三次盛大葬礼。唐贞元七年（791），国相左仆射权德舆奉唐德宗旨意，主建石门马祖塔，并亲撰塔铭；唐元和年间（806－820），唐宪宗赐马祖谥号“大寂禅师”；唐大中四年（850），江西观察使裴休奉旨主持重修马祖塔，赐塔名为“大庄严塔”，又颁赐“宝峰”匾额；清雍正十三年（1735），又加封马祖为“普照大寂禅师”。

马祖的葬礼毕，百丈怀海法师即傍墓结庐，以报恩守教之心修行，并主持宝峰佛事。十方衲子闻风而至，参禅问道者络绎不绝，如沩山灵鹫，参禅于怀海，后居湖南沩山，成为禅宗沩仰宗开创者。耽源应真禅师，曾与怀海大师论道于宝峰，后出居吉州（今吉安）耽源山，与慧寂禅师说法，传“圆相”给慧寂，后慧寂居袁州（今宜春）仰山，开“仰山门风”，成为沩仰宗另一开创者。云岩昙晟法师，幼时即在宝峰出家，后至修水云岩寺传法，收良价和尚为徒，良价又回宝峰习禅，后至宜丰洞山建寺，成为禅宗曹洞宗祖师之一。黄龙慧南法师，曾在宝峰参禅悟道，后迁修水黄龙寺，成为禅宗黄龙宗之祖。另外如九峰道虔、东林常总、宝峰克文、觉范慧洪、大慧宗杲等等，这些在中国佛教史、中国禅宗史上赫赫有名的法师，都曾在宝峰习禅修道，尔后才开宗立派，宝峰于斯大盛，名扬天下，影响深远。