晋泰始七年（271年），双柏归隶宁州。唐初属昆州。唐末为南诏银生节度地。宋大理国时，摩刍乌蛮部归属威楚高氏，始隶威楚府。

宋宝祜六年（1253年），元世祖忽必列率蒙古军渡金沙江，由川入滇，灭大理国后，建立摩刍千户所和鄂嘉千户所，实行军事统治。

元至元十一年（1274年）赛赤典入滇，次年建立云南行中书省。改摩刍千户所为南安州，领广通县；改鄂嘉千户所为鄂嘉县，仍隶属威楚府。

明洪府武十四年（1381年），元世祖朱元章派傅友德、蓝玉、沐英率军南征，次年取楚雄府，建立州、县政权，裁广通县归属楚雄府。

康熙八年（1669年），因兵燹战乱，户口稀少，裁鄂嘉县并入南安州。

民国2年（1913年）4月，全国废除府、厅、州制，一律改为县制，各县由省直辖，故南安州改为南安县。因与福建省南安县重名，易名摩刍县。民国14年（1925年），经云南省政府批准，复名双柏县，民国18年（1929年），民国中央政府认可双柏县名。民国36年（1947年），因“局势不稳”，“地方不靖”为由，全省划为13个行政督察区，双柏县划归第六行政督察区辖。

1950年1月，双柏县改归滇西专署辖。1950年1月21日，双柏县人民政府成立。同年4月，改归楚雄专区辖。1958年4月，楚雄彝族自治州成立，双柏县为自治州所属县份之一。1958年10月，在大跃进和人民公社化运动中，双柏县制被撤销，并入楚雄县为区。1959年11月1日，恢复双柏县制，县治从云龙迁驻妥甸。1973年3月起，调整公社体制，至1975年4月，全县由7个人民公社增至18个（云龙公社于1974年1月划归楚雄县辖）人民公社。

1980年2月，县属18个公社调整为8个。 1988年3月改区为乡，乡镇政权均称人民政府。1988-1995年，双柏县区划设置为1镇8乡，乡级设妥甸镇、大庄乡、鄂嘉乡、法脿乡、安龙堡乡、大麦地乡、爱尼山乡、独田乡9个人民政府。2002年4月，撤销原大庄乡、鄂嘉乡、法脿乡，分别设立大庄镇、鄂嘉镇和法脿镇。2006年，根据县委、县政府关于转变乡镇职能，适度撤并乡镇，合理调整乡镇的规模和布局，强化和完善乡镇功能，加快城镇化进程的有关精神，双柏县适度撤并乡镇涉及雨龙乡、大麦地乡和法脿镇3个乡镇，撤并后双柏区划为5镇3乡，乡级设妥甸镇、大庄镇、鄂嘉镇、法脿镇、大麦地镇、安龙堡乡、爱尼山乡、独田乡8个人民政府。