寺内藏有大量的珍贵文物和工艺品，如释迦益西从北京返藏时带回的皇帝御赐的佛经、佛像、法器、僧衣、绮帛、金银器等。其中释迦益西的彩色丝像，长109cm，宽64cm，虽经500余年，但色彩仍很鲜艳。藏在措钦大殿的200余函《甘珠尔》、《丹珠尔》经书全用金汁抄写，十分珍贵。

马头明王金刚像

最著名的塑像则是马头明王金刚像。在四层吉札仓的护法神殿里面，进大殿直走，过一排小殿，最里面就是。当地人会把头伸进一个小神龛里面，用头触那个雕像的基座。

甘珠尔

色拉寺内藏有极为丰富珍贵的文物，其中以永乐皇帝赐予释迦也失、1410年用朱砂刊印的108函北京版藏文《甘珠尔》（现有105函）最为珍贵，它不仅制作精美，而且是第一部用雕版印刷术印制的藏文大藏经。

晒佛台

在色拉寺东北方的晒佛台，可以要看鸟瞰整个色拉寺。每年雪顿节，都在这里举行晒佛仪式。

辨经

辩经，是一种佛学知识的讨论，也可以说是喇嘛们的一种学习方式。色拉寺的僧人们每天有一次辨经活动。这是一种富于挑战性的辩论，双方唇枪舌剑，言词激烈，辩论者往往借助于各种手势来增强辩论的力度，他们或击掌催促对方尽快回答问题，或拉动佛珠表示借助佛的力量来战胜对方。辩论场上的热烈气氛使游人也深受感染。作为拉萨三大寺庙之一，色拉寺可能不如哲蚌寺宏大多彩，但这里的辩经活动绝对是非常有特色的。

色拉寺内保存着上万个金刚佛像，大多为西藏本地制作。还有许多是从内地或印度带来的铜佛像。大殿和各札仓经堂四壁保存着大量彩色壁画原作。最著名的塑像就是大殿里的“马头明王”像。在四层吉札仓里面，进大殿直走，过一排小殿，最里面就是。当了人会把头伸进一个小神龛里面，用头触那个雕像的基座。

色拉崩钦

色拉寺有一个盛大的节日叫“色拉崩钦”，意为色拉寺独有的金刚杵加持节。据传在公元15世纪末，由印度传来一个金刚杵，人称飞来杵，后由结巴扎仓堪布于藏历12月27日迎入丹增护法神殿中供奉。过去，按习惯每到12月27日清晨，结巴扎仓的“执法者”骑上快马将金刚杵送往布达拉宫呈给达赖喇嘛，达赖喇嘛对金刚杵加持后，再快马送回色拉寺。这时，结巴扎仓堪布升座，手持金刚杵给全寺僧众及前来朝拜的信众击头加持，以表佛、菩萨及护法神的护佑。每年这天来色拉寺等待击头加持的信徒数以万计。

吉扎仓

色拉寺最大的扎仓，面积1702平方米，仅次于措  吉扎仓的金顶、宝瓶和鳌头钦大殿。初建于1435年，创建人为贡久洛真·仁钦僧格。仁钦僧格系后藏人，年轻时拜释迦也失为师，后从宗喀巴习显、密教法，并依宗喀巴（格鲁派始祖）意愿建吉扎仓，为第一任堪布（住持）。吉扎仓，高四层，仅经堂就有柱100根。经堂内遍挂唐卡、伞盖、帏幔，四周墙壁遍绘释迦传记和各种护法神像。

灵塔和造像

殿内北部供有多座灵塔和造像。殿内北部供有多座灵塔和造像。从东向西依次为二降神银塔、德钦希巴兰布（著名格西）灵塔、赤钦洛桑扎西（甘丹寺赤巴）灵塔、扎底钦久·强白崔真　（著名格西）灵塔、赞布瓦·洛桑坚赞（第二十八任第司）灵塔、达孜米旺·阿旺曲丹（热振第一代活佛）、第一代扎底曲桑活佛灵塔、赤钦·丹巴绕杰（第二代热振活佛）灵塔。在众多的灵塔之间还供奉着第八世达赖（强白嘉措）、第十三世达赖（土登嘉措）、第二代和第九代热振活佛，以及吉扎仓一些著名的高僧、活佛造像。经堂的西、北部有5个佛殿：三世佛殿位于西侧，殿内供奉过去、现在、未来三世佛和八在菩萨像；马头金刚殿（达真拉康），内供吉扎仓创建人洛真仁钦亲塑的马头金刚像，以及依怙神、忿怒神等  吉扎仓的柱面幡和唐卡护法神像，梁柱和墙壁上还挂有许多狰狞的面具，极为恐怖；强巴佛殿内主供强巴佛、十一面观音等塑像；宗喀巴殿主供宗喀巴大师，还供有康）位于经堂东北角，主供妙音铜像。

麦扎仓

色拉寺的早期建筑。始建于1419年，为寺庙创建人释迦也失所建。据说始建殿堂毁于雷击，后于1761年由贡钦·强曲彭巴重建。面积1620平方米。经堂中有长柱8根、短柱62根，主供释边牟尼铜像，列供于两侧的造像有未来佛、无量寿佛、药师佛、妙音菩萨、宗喀巴师徒三尊、第七世菩萨、宗喀巴师徒三尊、第七世达赖、第三代策默林活佛（贡觉丹贝坚赞）、帕邦喀活佛等铜像。

神殿

经堂北侧有4个神殿：最西边是护法神殿（特乌拉康），主供护法神“  色拉寺特乌”，特乌置身殿堂内的神龛中，只显露出上半身，龛门雕刻飞云中起舞的一对人骨架，门两侧雕刻数十具骷髅；龛中的护法神环眼怒睁，巨口忿张；殿中供奉的六臂金刚、白依怙神、十三面牛头金刚、忿怒神等塑像也都威武可怖，整个殿堂充满神秘恐骇的气氛。护法神殿东侧依次为罗汉殿（乃登拉康）、释迦牟尼殿（祖拉康）和宗喀巴殿（宗喀拉康），殿内分别供有十六罗汉、释迦牟尼佛和宗喀巴大师塑像。

二楼结构

麦扎仓二楼有太阳神殿（尼玛拉康）、甘珠尔经殿（甘珠尔拉康）。甘珠尔拉康原藏有108部金粉书写的《甘姝尔》和其他经典，“文革”中散失；现殿内佛橱中供有千尊度母小铜像。三楼中间为达赖卧室，两侧为扎仓强崔的住室及办公场所。

阿巴扎仓

色拉寺的早期建筑，也是色拉寺的密宗扎仓，1419年由释迦也失创建，当时作为色拉寺的措钦大殿，1710年现措钦大殿建成后始改为扎仓。面积1517平方米。高三层，由经堂和4个佛殿组成。经堂有长柱4根、短柱42根，主供释迦也失塑像，两侧供有贡若坚村桑布、赤钦丹巴让吉、杰尊曲吉坚村、宗喀巴师徒三尊、第十三世达赖喇嘛等塑像。

壁画

经堂四壁遍绘壁画，有释迦牟尼传记、六庄严（即龙树、圣天、无著、世亲、陈那和法称）、密集金刚、西方有乐世界等题材。经堂北侧的罗汉殿（乃登拉康）供奉释迦牟尼、十八罗汉和四大天王、马头金刚（为慈悲观音的化身）、忿怒神（为佛在降魔除障时显现的“法身”）等塑像。罗汉殿的东侧是大威德殿（结几拉康），主供大威德塑像（格鲁派主修的护法神）。据说这尊神像是释迦也失特请后藏雕塑家夏艾哇塑的。塑像腹是装藏有热罗扎哇的一个拇指，塑完后释迦也失亲自主持了开光诵经仪式。大威德神像两侧共有吉祥天女、六臂依怙神、四臂依怙神、多闻天王、白梵天王等塑像。

二楼结构

阿巴扎仓二楼为僧房和无量光佛殿（温巴埋拉康），殿中供有无量光佛合金像、贡若坚村桑布包银灵塔、杰尊曲结坚村包银灵塔，还有一座拉藏汗（？～1717年。清代蒙古和硕特部贵族首领）出资修建的善逝塔。三楼主要作为达赖的卧室。

1、忌称呼不当。对寺庙的僧人应尊称为“师”或“法师”。喇嘛庙中的僧人称其“师父”，忌直呼其名，或其它污辱性称呼。
2、忌礼节失当。与僧人见面常见的行礼方式为双手合十，微微低头，或单手竖掌于胸前、头略低，忌用握手、拥抱、摸僧人头部等不当之礼节。
3、忌谈吐不当。与僧人交谈，不应提及杀戮、婚配之事，以及提起食用腥荤之言，以免引起僧人反感。
4、忌行为举止失当。游历寺庙时不可大声喧哗、指点议论、妄加嘲讽或随便乱走、乱动寺庙之物，尤禁乱摸乱刻神像，如遇佛事活动应静立默视或悄然离开。同时，也要照看自己的孩子，以免因孩子无知而做出不礼貌的事。
5、游客在进入佛殿前，最好脱帽进入。在佛殿内不可大声喧哗和随意触摸佛像、乱扔垃圾，在没被允许的情况下，不能在佛殿内进行录像、照相等。