航空
吐鲁番没有民用机场，但位于鄯善县的军用机场会在旅游旺季开辟吐鲁番至敦煌专线；或者，游客可以在乌鲁木齐中转，乌鲁木齐机场距吐鲁番市约230千米，有高速公路相通，两个多小时即可到达吐鲁番市区。

铁路
吐鲁番火车站位于大河沿镇，距离吐鲁番市区约50千米，兰新线、南疆线各次列车均在吐鲁番站停靠，乘火车从吐鲁番到乌鲁木齐大约需要2个半小时，游客可乘中巴车或出租车往返于吐鲁番市区与火车站之间。此外，鄯善县也设有火车站，在市区可乘坐班车前往。

公路
吐鲁番的公路交通相当发达，这里地处新疆南北疆交通要道，312国道兰新公路和314国道南疆公路都在这里相交。吐鲁番市的旅游点，除苏公塔一处在市郊外，其余大多分布在距市中心约40公里范围内，都有公路相通，旅游十分方便。

市内交通

公交车
吐鲁番市内主要有8条公交线路，票价统一为1元。

出租车
出租车若不出城均为5元。出城的费用需与司机事先谈妥。包车的话，一天的费用大致在300－400元之间。