航空

敦煌机场位于敦煌市东13公里处，现开通有敦煌至兰州、西安、北京、嘉峪关、乌鲁木齐等城市的固定航线，每周38个班次。从机场到市区，可乘坐出租车，费用在30～40元之间。

铁路
　　
敦煌现有两个火车站，分别是柳园站和敦煌市火车站。
　　
柳园站在敦煌市西北方向128公里处，可直达上海、北京西、西安、成都、兰州，乌鲁木齐等数十个城市。从柳园站到敦煌市区，不分昼夜都有汽车，中巴15元，2个小时；拼车30元/人；出租车100元/车左右，1个小时。
　　
敦煌市火车站，在敦煌市东10公里处，乘大巴公交车3路即可到达市区。敦煌铁路连接敦煌与瓜州县柳沟站，全长169公里，设小宛、瓜州、甜水井、敦煌市4个车站，最高时速为120公里。从嘉峪关到敦煌全程400多公里，列车（7527/7528次）从当日6:30从嘉峪关始发，下午13:11到达，行驶约7小时。
　　
此外还有西安－敦煌（K591/K592次），兰州－敦煌（N857/N858）的列车可抵敦煌车站。

公路
　　
客运可通往酒泉、兰州、西安、哈密、吐鲁番、乌鲁木齐、格尔木等城市。如去西藏，可到格尔木再转车前往拉萨。敦煌市内除去玉门关仍为戈壁沙路外，都有笔直宽阔的柏油马路通往其它景点。
　　
敦煌汽车站在鸣山路飞天宾馆对面，每日有车发往兰州、鸣沙山月牙泉、嘉峪关等地，敦煌到嘉峪关约需7-8小时。嘉峪关汽车站每天9:00、10:30、11:30、14:30共4班车开往敦煌，也可以在嘉峪关新国道上，等酒泉到敦煌的过路车，酒泉的车比嘉峪关车多。

出租车

全市有各型出租车320多辆，昼夜服务。夏利车起步价5元，桑塔纳起步价10元。包车可到沙洲大酒店十字路口，或鸣沙路市政府招待所南的小十字路口处，那里是出租车聚集地。

公交车

敦煌的公交线路较少，最实用的有2条，均位于市中心鸣山路上（敦煌饭店附近）。其中3路汽车可以直达鸣沙山，票价1元；敦煌市区到莫高窟的公交车，在汽车站以北、西域路口的敦煌饭店发车，经丝路宾馆、敦煌火车站到莫高窟，从早8:30分起，每30分钟一班，票价8元。莫高窟返回市区的末班车是18:00。

自行车

虽然有中巴车沿固定线路在市内通行，但标志有些混乱，不易识别。敦煌市区不大，完全可以徒步游览、或者骑自行车闲逛。在市区鸣山路上，有4个自行车出租点。实在不愿意走一走的，可以选择人力三轮车，市内有300多辆人力车，十分方便。