宝山区属长江流域太湖区黄浦江水系，河流密度较高，境内陆上河流主要有蕴藻浜、练祁河、荻泾河、潘泾河等骨干河道，共25条，总长247.43公里，平均每条河长约l0公里。支河124条，总长286.44公里。农村小河764条，总长679.5公里。河道长度以荻泾河22.37公里为最长，沙泾港3公里最短。流域面积以蕴藻浜237平方公里为最大，最小的是西弥浦只有5.5平方公里。河底高程一般在吴淞0米或0.5米左右，河底宽度在4～15米，以练祁河东段30米、蕴藻浜30～60米为最宽。

　　全区水系以蕴藻浜分为南、北两片，南片多南北流向，北片多东西流向，分别泄入长江、蕴藻浜、苏州河和黄浦江。境内内河水位一般在2.5米左右。1977年8月22日大暴雨时，新川沙和西泗塘闸内水位曾达4.2米左右，东高泾闸内水位4.05米，老石洞、新石洞均为4米，北泗塘3.95米，黄泥塘3.9米。长兴、横沙两岛自成水系，长兴岛初步建成了九纵一横的内河水系，横沙岛则已建成三横一纵为主的干河系统和分散自主的分区水系。

　　长江口水流

　　长江年均下泄水量为9240亿立方米，夹带着4.86亿吨泥沙。入海口自徐六泾以下至鸡骨礁长145公里，长江口由崇明岛分为北支和南支，长江迳流主要由南支排泄出海，北支仅占0.7％。南支在吴淞口附近又由中央沙、长兴岛、横沙岛分为南港和北港，1978年迳流分配测量北港占70％，南港占30％。南港又由九段沙分为南槽和北槽，1983年迳流分配测量北槽占90％，南槽占10％。据此，长江迳流主要经南支北港和南港北槽而倾吐入海。长江口宽度约90公里，水面宽广，涨潮流与落潮流路线分开，在入海处由往复流逐渐转向旋转流，其间出现缓流区，形成浅滩，加上盐水楔的絮凝作用，使泥沙沉积，进而发育成河口沙洲。

　　长江洪水季的流速大于枯水季，在北港落潮流速大于涨潮流速，在南港则经常是涨潮流速大于落潮流速。据大通站实测多年平均流量为28900立方米／秒，最大流量为92600立方米／秒，最小流量为4620立方米／秒。长江迳流的含沙量，多年平均含沙量为0.53公斤／立方米，最大含沙量为3.24公斤／立方米，平均输沙量14.9吨／秒。南支河段悬移质泥沙平均粒径0.015毫米，老石洞悬移质泥沙平均粒径为0.014毫米，属细颗粒泥沙。