回医学理论体系继承了阿拉伯伊斯兰医学中的朴素唯物主义自然观，对人类的体质特征、生理特征、发病机制均能给以唯物的哲学解释。回医学承袭伊斯兰医学的“四元”理论，以人天浑同与有机整体思想为主导；以元气一元论与阴阳七行学说为基础；以动态和谐与过程论的观念，探索人的生命活动中身体和心性健康的整体规律及其与疾病失序的关系；以辨质为主，结合辨证、辨病、辨经，论证治疗、康复、养生、预防为特点的医学理论。

以“真一理论”“元气学说”为核心的万物本原论 真一理论，由伊斯兰医学大师拉齐提出，人体的生理及疾病所导致的病理变化皆在“真一流溢”范畴之中，从而演化出数一(无机、元气)、阴阳、天地、四元三子、四性四液的人及万物的生理和病理体系。元气学说，元者，一切精粹之所聚；气者，一切精粹所寓之器。具有生化能力的元气，不仅成为“后天形器”(物质)世界，一切有形无形事物的本原，而且从承元妙化，首判阴阳到“唯独人也，妙化天真”，都有元气统摄。

以“阴阳学说”为核心的阴静阳动，平衡和谐论 回医学认为，混沌元气开始生化，则“一动一不动，遂于其中有两分之象”。其“静”多动少者，谓之“阴”；“动”多静少者，谓之“阳”。 回医学重视“阴”与“阳”、“动”与“静”的辨证关系，更重视阴阳的和谐统一。

以“三子学说”为核心的“金、木、火”自然生化论 从金、木、火三者在天地化育之中而言，称为“三子”。而当三者形成以后，万物又靠它资生，所以又称“三母”。

以“四元学说”的四类运动性态论 回医学把阴阳演化生成的水、火、气、土称作四元。

以“七行学说”为核心的七行分布，万物汇成论 四元三子构成回医学特有的七行学说，七行分布，万物汇成。

以“四性四液辩证观”为核心的生理病理四相转归辨证论 四性与四液的生理，盖人之脏腑，四行相聚而成。

以“脑与经络结构观、整体观”为核心的脑与经络主宰调节生命活动论 认为脑与经络是调节生命活动的主宰，这一理论已经达到较高的认识水平。

以“真一流溢”“天人合一”为核心的独特的生命认识观 回医学承袭了阿拉伯伊斯兰医学大师拉齐和伊本·西那的“真一流溢说”和任何自然物质皆是(现实)形式因和(潜在)质料因所构成的“形式转化学说”。回医学非常重视天人感应之说和精神疗法，以此将同源、同构、彼此“通然”的人与宇宙万有全盘构筑到“真一显化流行”这一形理整体系统模式中，并以此作为立论基础和方法。