西汉刘向的《说苑辨物》：吾闻古之医者曰苗父，苗父之为医者也，行医于乡里。《神农本草经》记载的药物“有100多种与苗药同名同义”（《湘西苗药汇编》）。

明代李时珍《本草纲目》第一册有15种，第二册有27种苗族药物记载。其中的菖蒲条引宋代苏颂的话：黔蜀蛮人常将随行，以治卒患心痛。其生蛮谷中尤佳。入家移植者也堪用，但干后辛香不及蛮人持来者，此皆医方所用菖蒲也。清代吴其睿《植物名实图考》也记载了不少苗药，如“白芨根，苗妇取以浣衣，……白芨为补肺要药”。

黔东南苗族地区，在乾隆前还未入“官籍”，视为生界，有“蛮不入境，汉不入峒”之禁令。而苗医学在当地颇负盛名，“苗地多产药……或吞或敷，奏效甚捷”。19世纪末，松桃厅地甲司苗医龙老二，能为孕妇从腹部取死胎，一月后体愈，传为奇闻。长征时期，贺龙也曾指示“不但要物色好的苗族向导，而且要动员苗医随军前进”。

中华人民共和国成立以后，苗族医药得到了长足发展。上世纪50年代中期，由于西南各地刚解放不久，政府医疗机构才建立，缺医少药现象普遍严重，这一时期苗族医药和其他民族医药一样发展很快，走村窜乡郎中络绎不绝，极大地补充了当时缺医少药状况。上世纪60年代后期，国家大搞中草药运动，掀起合作医疗浪潮，一夜间，举国上下村村都有了合作医疗，一根针、一把草突出了广大农村治病求药特色。苗家山寨，医农合一，人人都有一技之长，个个都有疗病的药。如治上腹痛的“铁板症” “铁蛇钻心”，肚痛的“乌鸦症” “肚脐翻花症”等，莫不是以苗药外敷兼内服，效果良好。这一时期苗族民间医药得到了长足发展，民间有“贵州苗药走天下，湘西苗药治跌打，川东苗药疗咳嗽，鄂西苗药理百疾，路遇苗医，长寿顺利”的说法。进入上世纪80年代后期，国家加强了对民族医药调查研究的政策指引，同时随着世界环保意识的提高，以当地丰富的药物资源为主的民族药等同于绿色药物的理念逐步增强，使我国广大苗乡的苗医苗药发展极快。苗医药的发展以贵州省最为突出，开发部颁苗药制剂154个，成为贵州民族药品牌，并形成了以丰富的药物资源为基础，以苗药为代表的贵州民族药产业，从药材种植、加工以及制剂生产、药品销售的产业链，成为发展迅猛的朝阳产业。