维吾尔医学有独特的医学理论和医疗实践。

【四大物质学说】又称四要素学说，是一种朴素哲学思想，被应用于维医学中，成为维医学基本理论之一。四大物质是从自然界各种事物和现象中抽象出来的，运用到医学中，即把各种体液、器官、组织、生理和病理现象按照事物的属性、作用、形态的不同分别归属于四种物质，并以此解释人体生理、病理以及人体与外界的相互作用，以此为基础进行辨证施治，达到四大物质的协调，亦即达到健康的目的。这一学说与中医学五行学说有相似之处。

【气质学说】由四大物质学说引出。认为在四大物质的性质相互影响下而产生的新的属性即是气质。自然界任何物质都有气质，有不受制约、保持中庸、相互适应的平和气质，也有由于四大物质中某一种或几种物质偏盛而出现的单纯型或复杂型非平和气质。人的自然气质也有四种，即干热气质、湿热气质、湿寒气质和干寒气质，各具不同的生理、心理、病理特征，各有不同的食物和药物宜忌。

【四种体液学说】认为人体的各种营养物质都在肝内产生，它们是四种液体，即胆汁质、血液质、黏液质和黑胆质。这四种体液分布全身，在体内不断消耗、又不断产生，保持一定比例，对健康起着重要作用。一旦平衡失调，人就会生病。通常又把四体液分为正常体液和异常体液两类。

除以上三种主要学说外，维医学还有器官学说、力的学说、素质学说、形神学说、健康学说等多种基础理论学说。

维医学还有一整套较为严谨的临床医疗体系。维医学在诊断方法上有望诊、问诊、触诊、叩诊、听诊和闻诊等一般检查方法和大小便、痰、脓液、腹水等特殊检查方法。维医切脉用4指，对病态脉的归纳也与中医学不同，维医通过切脉了解患者在病态期的气质、体液和力等的各种状态，以及心血管疾病等情况，以判断病情轻重和预后。维医学把常见疾病症状归纳为23种，对每一症状都制定了详细的诊断和鉴别标准。维医学的诊断原则是以维医基础理论和常见症状学为指导，通过各种检查方法了解各种特异症状和体征，再进行综合分析，得出诊断结果。

维医学对于病因、疾病症状和体征、疾病种类、疾病的发展过程等方面有独特的认识，尤其对有关疾病危象的认识非常丰富。维医学认为病因分为内外两种，内因分昔日因、起病因；外因包括气候、环境、饮食、个人卫生、不正常男女关系等。症状和体征有全身性、局部性、体外、潜伏、特殊、并发、先兆、鉴别性证候等。在疾病分类上分为单纯型和复杂型疾病，单纯型为只患一种疾病，又分为气质失调性、结构变形、结构完整形破坏性疾病；复杂型指患两种或两种以上疾病。在病程的发展上一般分为发病期、发展期、危象期和恢复期4个阶段，其中危象又可分为良性危象和恶性危象。

维医学的治疗方法主要有饮食疗法、护理疗法、药物疗法，手艺（手术）疗法等。手艺疗法分为全身性排泄和局部性排泄两类，是维医学中最独特的疗法。维药包括植物药、动物药和矿物药，药性也分为热、寒、干、湿4类，每类又分较弱、弱、强、较强4个等级，同一种药常有混合属性，如干热、湿寒、湿热、干寒。治疗原则就是根据气质属性、病情轻重等选用相应的药物。