12世纪以前的蒙古族，以游牧为主，狩猎为副，兼营原始手工业。居住分散，社会发展极不平衡，其医药也处于萌芽状态，是蒙医蒙药知识的积累阶段。蒙古族先民们在长期的生产生活实践中逐渐积累了适应当地风俗习惯、气候条件、地理环境的医药卫生及保健知识。蒙古人非常讲究环境卫生的同时也特别注意饮食起居。如适当食用奶食、肉食、肉汤之类便可以起到滋补、防病、治病作用；倒垃圾有指定地点；严禁在水井、挤奶场、羊圈附近大小便；出门在外，只用自己携带的碗、筷和刀具，以防止疾病的传染。蒙古族人相信火能净化万物，感觉不洁时便用火加以消毒。蒙古族人还喜欢燃烧香料来对其住宅加以消毒。

在医疗技术与医疗器材方面。从一些被发现的石针及青铜针来推断，蒙古高原上的先民们很早就学会了针刺疗法。据中医学经典《内经·异法方宜论》及《四部医典·本续》等文献相关记载，蒙医灸疗法也是在这个时期被蒙古人所利用。除此之外，受蒙古人从事的畜牧业和狩猎业的影响，积累了丰富的正骨术、推拿术及酸马奶疗法等技术。

蒙古人利用植物治疗疾病，具有最初的方药知识。有关古典著作中记载了蒙古地区的特产药用寄生植物——肉苁蓉。拉施特的《史籍》中记载居住在鄂毕河上游森林中的“兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷，这些部落熟悉蒙古药剂，以蒙古方法很好地治疗疾病而闻名于世”。唐朝医学家孙思邈的《千金要方》记载了匈奴人用的祛寒丸，这种丸是由桂心、干姜等四味药配制的蜜丸 ，叫“匈奴露宿丸”，反映了蒙古及蒙古地区的古代北方民族很早就有了相当先进的方剂知识。这个时期的医药学知识，成为后来蒙古医学形成和发展的起源。

13至16世纪随着蒙古汗国的建立和扩张，蒙医也有了很大的发展，其临床经验也进一步丰富。蒙古医学的核心学说寒热对立统一的辨证学说产生，形成了初步的医疗理论及古代蒙医学。早期的针刺疗法、灸疗法、骨科和外伤治疗、饮食疗法、酸马奶疗法以及药物学知识，都有了新的发展。而且这个时期开始有了尸体解剖方面的研究，开始使用皮疗术、蒙古正脑术等特色疗法，并有饮食营养学专著问世。1330年元朝太医忽思慧用汉文编写了《饮膳正要》，这是我国最早的一部较完整的营养学著作。

蒙医治疗器具灸炷模

药物方剂方面。据史书记载，1226年蒙古军队中瘟疫流行，曾用大黄治愈。13世纪开始，随着蒙古族同国内各民族和阿拉伯、中亚及欧洲各国的交往及通商，内地和国外的一些药物进入蒙古地区。蒙古高原的特产肉苁蓉等药物也输送到内地和国外。在元代，有大量的药材从波斯和中亚入蒙古大国。1292年，在上都成立了“回回药物院”，其专用的“回回药方”一书共34卷，编入大量的阿拉伯药方和医疗经验。后来蒙古医学家官布扎布著《药方》一书，收载了印度、西藏、回回、汉医药物和验方。说明当时蒙古医药学在国内外的交流中得到了丰富和发展。

在这个时期，蒙医药吸收了印度医学理论。14世纪的著名翻译家希拉布僧格，曾将印度经典《金光经》译成蒙文，传播于蒙古地区。该书第二十四章是阿尤吠陀医学理论指导——四大元素（土、水、火、风）及气、胆、痰学说的简要论述，这对蒙医理论的发展带来了一定的影响。这个时期，随着蒙古汗国及元朝同欧洲各国之间的交往，阿拉伯医学、意大利的医疗经验，也开始传入蒙古地区，蒙古医学从中吸取了适合本民族和本地区特点的医疗经验，丰富了其内容。12世纪时，蒙古族医学也曾受到畏吾医学的影响（回鹖在蒙元朝成为畏吾或畏吾儿）。与此同时，蒙医骨伤科、蒙古灸等医疗经验也传入中原地区和西藏、新疆等地。成吉思汗规定的“扎撒”（法令）里有“免除医生赋税”的条目。1206年前后，蒙古军中设有军医，专门负责战伤外科。由此可见，当时的蒙医不仅在数量上增多了，而且有了很高的社会地位。在这个时期，蒙古族医学成为具有初步医疗理论，具有丰富医疗经验的古代传统蒙医学。

16世纪以后，蒙古族经历了明末到清朝的封建社会和1840年以后的半殖民地半封建社会。蒙古地区在经济方面形成了以牧为主，半农半牧并有适当手工业的多种经济的地区。文化方面也由于同许多民族的交流，其文化也呈多元性质。古代蒙医学在这个阶段有了进一步的提高，在大量吸收印度医学和藏汉等兄弟民族的医学理论和经验后，发展成为具有系统理论、丰富经验的独具特色的近代医学。

16世纪末以来，以四大元素（土、水、火、风）学说为指导，气、胆、痰理论为核心的印度医学专著《医经八支》和藏医《四部医典》传入蒙古地区后，蒙古医学得到丰富和提高。在蒙医学发展到现代的过程中，出现了不同的学术派别，各派著术立说进行学术争鸣，涌现出一大批著名的蒙医学家。从学派来讲，主要形成了传统蒙医学派、藏医学派及近代蒙医学派等三个派系。

这个时期是蒙医药学发展史上的极盛时期。医学教育在家传和师承传授方式的同时，也有了专门的蒙医学校和蒙医学院。这些蒙医教学机构大都存在于较大规模的寺院中，通称为“满巴拉仓”。

蒙医学在原有的古代传统蒙医初步理论的基础上，吸收了阴阳学、五大元素（土、水、火、风、空间）学以及印度和藏医理论精华，在长期的医疗实践中不断整理提高，形成了以“气、胆、痰”学说为主要内容的理论体系。有阴阳、五大元素学说、寒热对立统一学说、三素七秽学说、六因辨证学说、脏腑经络学说等内容。其中的六因辨证学说是根据病因进行辨证分析的理论；脏腑经络学说是按病位做辨证的理论；而寒热对立统一学说是辨证总纲。这些学说不仅是辨证论治的理论基础，也是解释人体生理功能的理论基础。

近代蒙医理论体系的形成和临床经验的总结提高，促进了临床基础分科及专科研究。近代蒙医学的临床分科为内科、骨伤科、瘟病、传染病、妇科、儿科、皮肤科、五种疗法、五官科等。基础分科为理论基础（包括诊断）、药理、方剂学等，各科专著也陆续出现。

16世纪以后的400余年的历史时期，蒙古医学在古代蒙医传统医学的基础上吸收了汉、印、藏等兄弟民族医学精华，并在实践中不断整理提高，发展成为具有系统理论和丰富民族特色的近代蒙医学。