蒙医药在长期的临床实践中形成了独特的理论体系、治疗方法和用药理论，并积累了大量的文献资料，这为蒙医药的发展打下了坚实的基础。

蒙医药学以自然哲学观点解释人体与自然环境之间的关系，以统一、整体、辨证的观点来认识机体生理、病理过程。其理论基础为三根、五元、七素及六基症学说。

蒙医药学认为，三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。人体只要使三根七素保持相对平衡状态，就能进行正常的功能活动，如果三根出现偏盛、偏衰等反常状态而失去平衡，机体就会产生疾病。为了保持这种平衡，平时就必须注意合理调配饮食、起居。因此，蒙医把饮食和起居也列入治疗疾病的四施（即饮食、起居、药物、外治）内容。