玛合图木·阿杂木和卓原名阿合买德·卡桑尼，乌孜别克人，中亚最大的苏非主义组织“纳合西班底派教团”的首领。额什丁和卓家族和穆罕默德·谢里甫和卓家族的相继兴起，引起了这位和卓对新疆的兴趣。为了扩大纳合西班底教团的势力，他亲自来到叶尔羌汗国。由于当时穆罕默德·谢里甫和卓家族正处于鼎盛时期，玛合图木·阿杂木和卓自感难以取代其·地位，只好在发展了一些信徒后返回了中亚。此后不久，叶尔羌汗国因阿不都·拉失德汗去世而引发了继承权之争。为了加强竞争力，他的儿子们纷纷寻求和卓的支持。这就为玛合图木·阿杂木和卓家族进入新疆提供了有利的时机。在叶尔羌汗国发生权力之争前不久，玛合图木·阿杂木和卓家族也因他的去世引发了继承权之争。在内讧中失败的幼子伊斯哈克和卓，只得前往阿富汗、伊朗和中亚各地游历传教，并进行分封自立、自创教团的活动。但他的这一违规行为最终使他被驱逐出中亚。正在他无家可归，四处流浪之时，却意外地接到了叶尔羌汗国阿不都·克里木汗的邀请。伊斯哈克和卓进入新疆后就卷人了叶尔羌汗国统治集团的斗争。他在途经阿克苏时，会见了汗的兄弟、汗位觊觎者巴巴·穆罕默德，并表示了对他的支持。所以他一到达叶尔羌，就同阿不都·克里木汗发生了激烈冲突，遭到汗的驱逐，不得不离开叶尔羌前往和阗等地去传教。在和阗他又因没能显示他所吹嘘的“奇迹”，把和阗统治者忽雷失速檀死去的妻子救活，而与忽雷失速檀反目，被迫去了阿克苏。此时巴巴·穆罕默德已成为阿克苏的统治者，他把巴巴·穆罕默德纳为弟子，并在他的支持下开始了在阿克苏的传教活动。伊斯哈克和卓在新疆进行了十多年的活动，虽然也招收了一些弟子，但终因与阿不都·克里木汗不和，未能进入叶尔羌汗国上层，最后无奈地返回了中亚。　

　　巴巴·穆罕默德汗继承汗位后，已年迈的伊斯哈克和卓没有再回新疆，但在去世前指定他年仅两岁的儿子和卓萨迪为其在叶尔羌的代理人。和卓萨迪七岁时，被穆罕默德汗接到叶尔羌，并亲自负责对他的教育和培养，伊斯哈克教团的事务则由伊斯哈克的心腹舒图尔海里排代理主持。在宫中长大的和卓萨迪谙于权术，他主持伊斯哈克教团的事务不久，就清除了舒图尔海里排等人，牢牢控制了教团的一切权力。伊斯哈克教团在他的领导和穆罕默德汗的支持下，迅速发展起来，信徒达到四万多人，并取代乌瓦依西教团成为叶尔羌汗国的官方教团。与此同时，和卓萨迪的地位和影响也在不断上升。穆罕默德汗死后，和卓萨迪又开始玩弄政治权术，干预朝政。他一手操纵了几位汗的废立。在汗位的频繁更迭中，汗权不断被削弱，而和卓萨迪的权力却在不断加强，几乎完全把持了叶尔羌汗国的朝政。　　

　　在经济上，该和卓家族通过各种手段聚敛了富可敌国的财富。他们的经济来源主要有三个方面：一是汗的赏赐。据伊斯兰史料记载，仅穆罕默德汗赏赐给伊斯哈克和卓的村庄就有策勒的科克·古姆巴赫村和叶尔羌附近的托古兹肯特 (维吾尔语，意为九个村庄，这些村庄是皮雅玛、古玛、章古雅、绰达尔、桑株、包尔雅、达瓦、维吐格拉克)。该家族所获得的汗所赏赐的村庄还有喀什噶尔的法依沙巴德和牌祖巴特、和阗的撒拉和阿克苏的阿克杨莱等。二是赋税豁免权和软玉开采加工权。和阗玉驰名国内外，是和阗地区的支柱产业和主要的经济来源，因此和阗玉的开采加工权自古就属国家所有。穆罕默德汗为了表示对其宗教导师的忠诚，竟然把“原属国家所有的和阗河床与矿场的玉石开采权”作为礼品送给了伊斯哈克和卓家族。三是信徒“敬献”的礼品。在苏非派教团中，教主被视为安拉在人间的代理人。所以信徒为讨好教主总是尽其所有给教主献上自己的礼品以表忠心，礼品的种类包括金钱和各种财物，以至牲畜、土地等等。　　

　　到17世纪中后期，玛合图木·阿杂木和卓家族已由宗教贵族上升为叶尔羌汗国的大宗教封建主。既拥有雄厚的经济实力，又控制着世俗政权的玛合图木·阿杂木和卓家族，作为叶尔羌汗国一支重要的宗教政治势力，在天山南路屹然崛起。