成吉思汗在攻占西域后，把新疆分封给了他的次子察合台，新疆从此进入了察合台汗国统治时期。察合台汗国的蒙古统治者二直信守成吉思汗的宗教政策和法令，为保证能够公平对待各宗教，察合台蒙古人也始终坚持自己的宗教信仰。但事物总是在变化的。蒙古人所统治的西域，是一个信仰伊斯兰教的民族和人口占绝大多数的地区，蒙古统治者要巩固自己的统治，必然要加强对伊斯兰教的了解。而生活在穆斯林社会中的蒙古百姓，他们社会交往的主要对象也是穆斯林。所以，无论蒙古上层统治者还是下层人民，在同穆斯林的长期交往中，不可避免地会受到伊斯兰教的影响。在蒙古人统治西域一个多世纪后，中亚的一些蒙古人包括蒙古贵族，开始接受伊斯兰教，成为第一批蒙古族穆斯林。蒙古人接受伊斯兰教的另一个原因，是由于当时的社会动乱。蒙古统治集团和部落首领为争夺权力常常干戈相见，武装冲突乃至战争连绵不断，社会动荡，民不聊生。一些蒙古贵族为利用伊斯兰教加强自己的势力，便置成吉思汗的政策和法令于不顾，接受了伊斯兰教。而生活在社会下层的蒙古群众，则希望通过改变宗教信仰来寻求新的精神寄托。　

　　察合台汗国同中亚蒙古汗国的情况差不多，也是兵连祸结，战乱频仍。同中亚不同的是新疆佛教仍有很大的势力和影响，伊斯兰教对蒙古人的冲击和影响不像对中亚各民族那么大。所以直到14世纪初，新疆地区还没有蒙古人接受伊斯兰教，但是情况不久就发生了变化。察合台汗国经过长期动乱后，到14世纪初正式分裂为东、西两个汗国。东察合台汗国辖地主要在新疆。1347年，东察合台汗国的杜格拉特部首领播鲁只把流落在民间的据说是成吉思汗七世孙的秃黑鲁帖木儿扶上了汗位，定都于阿力麻里。在秃黑鲁帖木儿正式登位前，播鲁只把他放在阿克苏进行监护。在此期间，秃黑鲁帖木儿遇到了成吉思汗时代其先祖被流放到新疆的苏非派传教师谢赫贾拉里丁与额什丁和卓父子。在他们的说教下，秃黑鲁帖木儿答应接受伊斯兰教，由于这件事有很大风险，他要求在他登上汗位并掌握了最高权力后再正式公开信仰和举行人教仪式。秃黑鲁帖木儿登位时，谢赫贾拉里丁已经在阿克苏去世。几年后，额什丁和卓才得知秃黑鲁帖木儿称汗的消息，便按照原来的约定，前往阿力麻里去见秃黑鲁帖木儿汗。秃黑鲁帖木儿汗遵守诺言，由额什丁为他举行了人教仪式，并取了一个“艾布伯克里·穆罕默德”的教名正式成为一名穆斯林。秃黑鲁帖木儿汗是新疆地区第一位接受伊斯兰教的蒙古可汗。　　

　　把秃黑鲁帖木儿汗扶上汗位的杜格拉特部是察合台蒙古中一个比较强大的部落，他们让年仅18岁的秃黑鲁帖木儿当察合台可汗，目的就是为了掌握察合台汗国的实权。秃黑鲁帖木儿汗当然也不愿当傀儡，为了摆脱杜格拉特家族的控制，他采取了许多策略和措施，接受伊斯兰教并利用伊斯兰教势力，就是其中之一。为了迅速壮大以他为核心的这股宗教政治势力，秃黑鲁帖木儿汗人教后，就在额什丁和卓的支持和配合下，开始强制推行伊斯兰教。