十三世达赖喇嘛出走到外蒙古，本来是受他身边的布利亚特蒙古僧人德尔智等人的鼓动，想取得俄国的帮助继续抗英。但此时俄国刚被日本打败，无力提供实质的援助，这使十三世达赖喇嘛仍然寄希望于清朝。

1906年，在清朝的要求下，他从库仑启程返藏，走到青海塔尔寺时，由于清朝在西藏推行新政和在四川藏区实行改土归流，就在塔尔寺暂住。

1907年11月，清朝批准达赖喇嘛进京朝觐的要求，他就经兰州、西安，于1908年1月到五台山朝礼，等候进京。这时俄国、美国驻北京的使节和日本、德国的外交人员接连到五台山拜会达赖喇嘛，英国驻北京的公使也通过中间人和达赖喇嘛取得了连系。

9月底，十三世达赖喇嘛从五台山到北京，慈禧太后和光绪皇帝几次接见和宴请他，赐给金册金印，恢复了他的达赖喇嘛的名号，加封他为“诚顺赞化西天大善自在佛”，但是清朝没有批准达赖喇嘛不经过驻藏大臣直接向皇帝上奏的请求，又使他深感不满。在这期间，英国公使专门拜会了达赖喇嘛，还派了熟悉西藏情况的驻江孜商务专员鄂康诺带着锡金王子到北京，参加英国公使和达赖喇嘛的会见，对达赖喇嘛竭力拉拢，而达赖喇嘛对英国的态度也有了重要的改变，想与英国改善关系。紧接着慈禧太后和光绪皇帝去世，十三世达赖喇嘛即于1908年底离京返藏。

清朝在康区实行改土归流并派遣川军人藏，威胁到西藏僧俗上层的政治和经济利益，引起清朝和达赖喇嘛为首的西藏部分僧俗上层的矛盾，这促使十三世达赖喇嘛从坚决抗英转变到依靠英国的支持来保住自己的统治权力和利益。还在返藏的途中，他就命令伦钦夏扎班觉多吉调集藏军和民兵阻击川军进藏，并请英国公使出面压迫清朝停止川军人藏。

1909年11月，十三世达赖喇嘛回到拉萨，首先正式任命亲英派贵族夏扎班觉多吉等三人为伦钦，执掌大权。

1910年2月，由钟颖率领的川军到达拉萨，随即与藏军发生零星冲突，这使本来就与驻藏大臣联豫关系紧张的十三世达赖喇嘛坐卧不安，立即命令策墨林活佛为摄政，留守拉萨，自己带领伦钦夏扎等少数官员逃走。联豫派兵追赶，在曲水遭藏军阻击，没有追上。

2月底，十三世达赖喇嘛经亚东到达印度大吉岭。清朝根据驻藏大臣联豫的奏请，再次革去十三世达赖喇嘛的名号，而英国则对他热情接待，安排他游览印度各地，在大吉岭为他提供住房和生活用品。让达赖喇嘛在大吉岭设立噶厦，和拉萨的西藏地方政府官员保持联系，遥控西藏的事态发展。英国虽然表面上宣称不干涉西藏事务，保持中立，实际上却加紧利用十三世达赖喇嘛逃到印度的形势，为进一步侵略西藏做准备。