荣赫鹏带兵到拉萨后，确实是处在险境之中。拉萨东面仍有数千藏军活动，拉萨近郊的色拉寺、哲蚌寺的僧众还有武装，拉萨市民不卖粮食和货物给英军，甚至有僧人只身闯入英军驻地，刺杀英军军官。达赖喇嘛出走，又使莱赫鹏没有了谈判的对手，于是荣赫鹏只好去找驻藏大臣有泰，经过有泰的配合和尼泊尔在拉萨的代表的活动，才能够和以代理摄政洛桑坚赞为首的西藏地方政府的代表进行谈判。

1904年9月7日，荣赫鹏和洛桑坚赞等人在布达拉宫签署了一份荣赫鹏事先炮制好的共有十条的《拉萨条约》，其主要内容是：一、除了已开的亚东商埠外，增开江孜、噶大克为商埠，英国在这两地享有同样特权。二、分期付给英国军事赔款五十万英镑（后来新任英印总督俺土尔将赔款减为17万英镑，合250万印度卢比）。三、边界至江孜、拉萨通道上的炮台要塞一律削平。四、西藏答应，非经英国政府同意，不得将土地让卖租借于其他国家，西藏事务不得让其他国家干预，铁路、道路、电线、矿产等项权利不许其他国家享受。

在签订《拉萨条约》的过程中，驻藏大臣有泰执行清朝政府对外屈膝投降的方针，昏庸误国，帮助莱赫鹏压服西藏官员签约。荣赫鹏本来要求有泰也在条约上签字，有泰也准备答应，被手下官员劝阻而没有签字，他只是和荣赫鹏交换了一个照会，双方说明条约中所说的非经英国同意不得在西藏享有权利的“任何外国”，不包括中国在内，中国商民仍可以到江孜、亚东、噶大克商埠经商贸易。清朝外务部在看到《拉萨条约》的草约后，也立即指示有泰不得画押，并向英方声明，所有条款应由清朝和英国商议后，才能审核，还决定西藏答应的赔款，由清朝政府支付。俄国和法国也对《拉萨条约》提出反对意见。