这一时期西藏历史的另一个重要的内容是英国和俄国帝国主义势力对西藏的侵略。帝国主义的侵略活动大致可以分为几个阶段。

一、早期西方传教士的活动，开始于明朝的末年。1624年葡萄牙教士到阿里古格，曾建立过天主教教堂，1627年有葡萄牙教士到日喀则活动。1715年又有传教士德悉德利等到拉萨，进行传教活动，到1745年清朝下令把在拉萨的外国传教士遣送出境。虽然这些传教士在西藏活动的直接目的多数是传播基督教，但是他们收集西藏的自然地理和社会情况，并把这些情报资料送回西方国家，为后来西方帝国主义国家的扩张和侵略做了前期准备，成为西方殖民侵略政策的先锋。

二、英国殖民主义者进入南亚次大陆比葡萄牙人和法国人晚，但是他们后来居上，打败了葡萄牙人和法国人，侵占印度各小邦的领土，成为在印度的最主要的侵略势力。英国早期在印度的侵略活动是以东印度公司的名义进行的。这样，英帝国主义就把它的侵略基地建到了西藏南面的大门口上，对西藏形成巨大的威胁。

三、鸦片战争以后，英国、法国和俄国等国，利用与清朝签订的不平等条约，派出许多探险家、传教士，以游历的名义从各个方向进入中国藏族地区活动。英国还派出许多间谍化装成从印度来的朝佛者，偷偷地带着测量工具，在西藏测绘地图，记录气象资料，侦察西藏的军事设施。俄国还利用其统治下的蒙古布利亚特地区和西藏的宗教联系，派遣僧人入藏活动，同时组织探险家进入藏族地区。这些人侦察藏族地区的道路、地形、社会情况，绘制地图，为进一步侵略中国的藏族地区作准备。这些探险家遭到藏族僧俗的强烈反对，他们多次向清朝呈递公禀，表示坚决反对允许洋人入藏游历考察，噶厦还一再命令各地僧俗官员，绝对不准洋人入藏，一经发现，就要全力阻拦，让他们返回。随着英国和俄国在亚洲争霸，英国为巩固它在印度的殖民统治，极力把势力范围扩大到喜马拉雅山以北。为了达到这个目的，英帝国主义对中国西藏的侵略活动逐步升级，直到对西藏发动两次武装侵略战争。