１８９４年中日甲午战争爆发。由于清政府的腐败，虽有徐邦道等爱国官兵奋勇抵抗，清军仍是连连失利。１１月２１日，日军攻陷扼守京津门户的战略要地旅顺口，开始了震惊世界的旅顺大屠杀。日军不论男女老幼，见中国人就杀，一时间旅顺尸横遍地，血流成河。大屠杀整整持续了四天三夜，近２万名旅顺同胞惨死在日军屠刀之下，旅顺市区内仅存３６人，留做抬尸之用。

　　１８９５年春，旅顺大屠杀遇难者尸体被集中焚烧后，骨灰丛葬于白玉山东麓。当地百姓称之为“万人坑”。１８９６年，清政府官员顾元勋主持为旅顺大屠杀殉难同胞竖碑修墓，建立享殿，并亲题“万忠墓”三字。自此，每逢祭日，各界人士都来这里祭扫悼念。

　　１９２２年和1１９４８年，旅顺万忠墓曾两次重修，享殿正门额上方悬挂“永矢不忘”金字横匾。

　　１９９４年，时值中日甲午战争１００周年。旅顺口区政府发动社会各界捐款再次重修万忠墓。文物工作者在清理万忠墓墓穴时，发现了大量死难同胞遗物和遗骨，如妇女和儿童的佩饰、老人的烟袋嘴儿，还有仅一毫米厚的儿童头骨等。这一重要发现，为揭露日军的暴行提供了更加确凿的物证。１９９４年１１月２１日，旅顺各界人士在修缮一新的万忠墓前举行了隆重的“甲午战争旅顺殉难同胞百年祭奠仪式”。

　　在重修万忠墓的同时，旅顺还新建了占地面积达４５４０平方米的万忠墓纪念馆。纪念馆现有陈列面积１０００多平方米，以大量的历史照片、史实资料和实物，真实地展示了甲午中日战争中，日军在旅顺口制造的骇人听闻的大屠杀暴行和中国人民不屈不挠的反侵略斗争历史。