萨迦寺有精美壁画3000多幅，题材广泛涉及宗教、历史、文化和社会生活等方面，以佛经、教义、神话传说、历史故事、昆氏史、萨迦史、山水景观、花卉瑞兽、装饰图案等为主，场面宏大，内容丰富。

主要画面

　　金廓拉康坛城壁画：即“坛城日殿壁画”。位于拉康钦莫大殿二层西回廊。墙上坛城壁画是迄今萨迦寺最早最完整的壁画，绘于13世纪末。金廓拉康共有壁画坛城63座，其中大坛城20座，直径2.55至2.7米；小坛城43座，直径约0.6米，分布于大坛城四周，相间山水、祥云、佛陀、菩萨、侍女等图像。该拉康坛城壁画，是我国元代绘画艺术珍贵的文化遗产。

　　昆氏世袭史画：位于拉康钦莫大殿二层东回廊北部。壁画绘制于东壁及南、北两端，题材为昆氏家族世系肖像118尊，尤以天神基仁、昆邦杰、贡嘎宁布3尊画像最为高大，通高2.2米；其余肖像较小，分四层整齐地排列在壁面上，通高0.5米。萨迦昆氏家族自誉为是光明天界之世系，是文殊菩萨所幻化，基仁、裕仁、裕赛三昆仲被尊奉为始祖。壁画开始就从这三天神画起，依次延续到第118代后裔阿旺·贡噶索南。整个壁画俨然是一幅昆氏世系形象生动的连环画。

　　莲花生传记画：位于次久拉康西壁。壁画详尽地描绘了莲花生大师降生、抵印、弘法、进藏、降魔、建桑耶寺等经历，带有神奇的色彩。莲花生形象被描绘为头戴三角卷沿帽，顶插鹫羽，双眉锁闭，瞠目张口，怀抱骷髅魔杖，手端人头骨碗，呈忿怒相，以示“法力无边”。壁画描绘他降生时，于湖中坐一梗莲浮现水面，四周龙女、仙女、虎、豹、狮、孔雀、鸭、鹅和人欢呼雀跃，后被印度国王安扎底迎至印度学经修身、云游四方、弘传佛法；8世纪，被赤松德赞邀请进藏，一路遭妖魔、蛇蝎,野牦牛、猛狮和地方精灵的残害，他广施法力将其逐一降服；后建桑耶寺，并广译佛经，为佛教在西藏的弘传作出了重要贡献。

　　释迦牟尼传记画：位于拉康钦莫大殿内之大经堂东壁。壁画淋漓尽致地描述了释迦牟尼佛一生的经历。壁画自他为拯救人类痛苦乘象下凡入胎画起，接着为腋下降生、七步生莲、比武伏象、王子出行、夜半逾城、六年苦修、降魔成道、传经弘法、历经十难、佛祖涅磐、分取舍利等情节。尤以相间绘制的8尊等身像最为引人注目，两侧2尊为立像，右手下垂施与愿印，左手于胸前施无畏印；其余6尊皆结跏趺坐，手分别施与愿印、禅定印、降魔印、说法印等。整幅画面长达66米，如此鸿篇巨幅的佛传连环画实属罕见。

　　山水鸟兽画：在萨迦寺壁画中多作铺底或反衬，几乎散见于各殿堂。绘有“狮图”、“虎图”、“四合睦”、“六长寿”、“东尊丹巴”（圣僧图）、“瓶荷图”、“松鹤图”等，鸟兽主要为狮、虎、象、鹿、猴、狗、兔、牛、马、羊、鹰、燕、雁、鹤等。画面山势平缓，山坡郁郁葱葱，长满绿色的树木和青草；山间溪水潺潺，湖面平坦舒展、波光粼粼；鸟儿鸣叫枝头，牛羊漫步山野，双鹿息卧树下，白兔嬉戏追逐，仙鹤飞翔空中……山重水复，行云缭绕，描绘出一幅幅宛若仙境的世外桃源，烘托得楼台殿阁格外华丽，给人以世俗风情的亲切感。

　　寿星图：见于萨迦寺原八思巴官邸的屋顶上，极为珍贵，该图为红底彩绣。中间绘有一头回首巨龙，两边各有一凤朝着巨龙飞翔；龙首和龙身之间有一方框内绘有“龙章凤诰”四个字，为封建时代帝王诸侯的专用物品。整个画面分为三圈：外圈的上首和两侧各绘两只凤凰和花枝，下方绘五狮戏珠；中圈的上边绘寿星、仙鹤、麋鹿、长寿树，左右两侧绘有道教之八仙，下方绘有仙草和八角凉亭；内圈绘寿星，右手托一仙桃，左手拄一拐杖，杖头挂一个葫芦，两角各有一只蝙蝠，象征福寿双全。两边的汉文题款显示这是广东省海南县知县傅汝梅送给鹿大人八十寿辰的祝寿礼物。这幅《寿星图》由内地传到萨迦寺充分说明了萨迦派同内地官员之间的关系和交往。