墨脱当地人出入墨脱的道路主要有两条，一是步行进出线路，另一条公路可以徒步进出，也可以开车走完大部分（其中有64公里不能行车）。
　　徒步山路：一条是从米林县派乡翻越多雄拉山口，沿多雄拉到墨脱的背崩乡，再逆雅鲁藏布江北上至墨脱县城，全程约115公里，当地人步行需4天时间。这条路在每年的6-10月份可以通行。
　　公路驾车：另一条是扎墨公路（波密扎木镇至墨脱公路），唯一可以大部分通车的公路（但也仅限波密到80K勉强通行，80K至墨脱县城的60多公里路在雨季仍不能通行汽车）。，全程141公里。由于嘎龙山的阻挡，这条路只能在每年的8-10月初翻越海拔4640米的嘎龙拉山口（正常情况下步行约需5天时间），自驾车需要2天时间，而且时常发生游客自驾车被困其中的情况。出于安全考虑，自驾车走此路线，最好先行勘路，勘路成功后再做出详细可行，并适合自身的自驾游计划。
　　走这两条路都十分艰险，交通一直以来都是困扰墨脱的最大障碍，由国家投资建设的扎墨公路早在上世纪90年代即已通车，但建成不久既被塌方、泥石流、淤泥完全摧毁，繁复修复也无济于事。由国家投资正在建设中的“西藏墨脱公路”嘎龙拉隧道，目前工程进展顺利，这一路段有望在2012年竣工通车。所以，墨脱至今仍是全国2100个县域中唯一不能全线通车的地区。
　　航空转乘：可从所在城市飞抵拉萨，转长途汽车到林芝地区的八一镇或是波密县，再徒步或租车进入墨脱。
　　铁路不通：目前铁路尚不能通达墨脱。
　　包车或租车：墨脱当地的公路因为不能全线通达，所以墨脱核心地区没有包车或租车服务。包车或租车服务，只有在波密至嘎龙拉山口和八一镇至派乡、松林口一带才有。