闽侯县是一个历史悠久的八闽古县，从西汉建置冶县至今，已有2000多年的历史了。其县治亦随着区域的拆分并合和县名的易改不断地变迁，以至今日有“老县新城，大县小城”之说。县治如此频繁的迁徙，这是我省其他县所少见的。

据有关史料记载：汉朝无诸从诸侯灭秦，又佐汉击楚有功，汉高帝五年（公元前202年）复立无诸为闽越王，立都于东冶（今福州），西汉始元二年（公元前85年）置冶县，县治设在福州鼓楼区屏山东南麓，这是福建政区建置史上第一个县。《宋书·地理志》亦有记载：“汉武灭闽越（国），徙其民于江淮间，虚其地。后有逃遁山谷者颇出，立为冶县。”东汉建安元年（196年）冶县改名侯官。晋太康三年（282年）析侯官分置原丰县，列为首邑。南朝梁天监年间（502－519年），原丰与侯官合并为东部侯官。隋开皇九年（589年）改东部侯官为原丰县，十二年，更名为闽县。闽县之名由此开始，县治在闽都坊内，也就是今东大路省立医院附近。唐武德六年（623年），复置侯官与闽县，分治城内。此时，闽县县治仍在旧址，侯官县治则设在侯官坊，今道山路省妇幼保健院内。不久侯官又撤销了。

周武则天长安二年（702年）复设时，侯官移治于闽侯县上街镇侯官村。明王应山《闽都记》记载：“侯官市，古县治也。唐武德六年，置县螺江之北。贞元五年为洪水漂没，观察使郑叔则奏移入州城，遗民廛居，城市里社，巍峨，有石塔临于江滨，其山名龙台，与赤塘山并峙。”但王应山把唐武德六年刚设县时曾一度设治于侯官坊这段历史略写了。明曹学佺《侯官市》诗云“解缆已更市，榜歌犹未残。镇村垂桔庙，拍水漂麻竿。日泻帆光淡，江澄塔影寒。驿楼经再宿，亦觉别情难。”是对侯官古县的生动描述。如今，与侯官县治同期建筑的城隍庙以及镇国宝塔等文物古迹尚在，均列为县级文物保护单位。唐贞元八年（792年）侯官县治由侯官市再迁入福州城，初名“侯官坊”。南宋时，里中为官者以补日久不能得缺，感到不吉利，请求改名“官贤坊”，俗称“侯官县前”，即在今澳门路口省卫生学校。唐元和三年(808后)并侯官入闽县，五年，复析闽县置侯官县。宋太平兴国六年(981年)，福州郡守何允昭奏“闽县画疆，不啻百里，户逾二万，吏思簿籍，繁征输远”，乃析闽县9乡置怀安县。此时，闽县、侯官、怀安三县皆隶于福州威武军。今上渡三县洲即为当时三县所属闽江河道冲积洲。怀安县治初设在芋原江北30里的荆溪镇桐口村。

宋咸平二年(999年)，福州转运使丁谓奏移怀安县冶于城西北25里的南台岛北端怀安村，改“闽越亭”为县衙署。这里山峦秀拔，有巨石冠山巅，高大坦平。昔日洪山桥未建，怀安就已砌筑一座横跨闽江的大桥，至今江边还有“大桥头”的地名，足见当年渡口繁华的景象。南宋理学家朱熹有《晚发怀安》诗云：“挂帆望烟渚，整衣棹别津。风水云已便，我行安得停。”据《闽书》引旧志云：“石岁觉增长，后因火不长”等奇迹，是早期海岸线上升的记载。元至元二十二年(1285年)怀安县治—度移到县治西，不久又迂回原址；因元时怀安常被闽江水患所冲刷，土崩地陷，在元至大年间(1308-1311年)再度移至城西澄澜阁旧址，即今渡鸡口一带。 明洪武二年(1369年)闽县县治迁至府治东南秀实坊内的净业寺故址，即今鼓楼区旗汛口，俗称“旧闽县”。三年，侯官重建官贤坊衙署。十二年，怀安县治移于古罗城永安门外，今福州鼓楼区三角井一带。到明万历八年(1580年)怀安县又并入侯官县，其县治废。怀安自闽县析出到最后并入侯官县，共历时598年。清顺冶二年(1645年)，南明唐王朱聿键称帝福州，改福州府为天兴府，三年复原名，闽县、侯官两县皆为其所管辖。清顺冶十八年(1661年)闽县县治移建九仙山麓(即于山)，衙址在今法海路福州警备区司令部内。清雍正十二年(1734年)，侯官县在大湖置分县丞，衙址在今大湖乡政府东北面。民国《闽侯县志》载：“丞厅旧在县治内中，雍正十二年移驻大湖”。县衙坐北朝南，前后三进，前二进毁于1958年，现仅存后衙。后衙面阔五间，进深四间，穿斗式木构架，单檐歇山顶，外围风火砖墙，建筑面积约有300平方米，衙大柱粗梁，硕实庄严。衙东置有一棵粗壮高大的桂花树，与县衙同龄，葱郁茂盛，香清益远。大湖分县衙于1989年列为闽侯县级文物保护单位。雍正十三年(1735年)，闽县也山长乐县营前分设县衙。

民国元年(1912年)5月5日，原闽县和侯官县裁撤，合并为“闽侯府”’，历时5个月多。今尚干镇凤港村渡口榕树下有一方形花岗岩石路标，正面阴刻“闽侯府辖凤港乡”，两侧分别阴刻“东往尚干乡”、“南往坊口”等字样，为当时留下之文物。以后撤销府、州、厅建制实行省、道、县政制，闽县、侯官县归东路道管辖。民国二年(1913年)，闽、侯官两县合并为闽侯县，闽侯县名从此始，县治设在原福州府衙署内，即今鼓楼区鼓西路省地质矿产局院内。民国三十二年(1943年)8月，国民政府主席林森逝世，翌年，国民政府决定将闽侯县改名林森县。抗日战争时期，因福州城两度沦陷，县治先后迁至南通古城、建新洪塘、大湖郎官、洋里小箬等乡。民国三十五年(1946年)5月迁回福州西涧，治所在今白马路假肢厂。

1949年8月17日，闽侯县人民政府在西涧接管旧县府。1949年9月，县政府迁往今仓山区建新镇义序村。1950年4月，县府迁往尚干镇，复名闽侯县。1953年5月，县政府迁至福州郊区螺洲，，1970年9月县政府迁至甘蔗。甘蔗原为闽江冲积洲，唐代称瀛洲。后由于河道变动，江水将其一分为二；又由于当时沙洲多种甘蔗、橄榄、柑桔等多种作物，因而将所分二洲，名柑洲、蔗洲，随后泥沙淤积，又合二为一，各取两洲首字定名为“柑蔗”。民国以后又把“柑”写作“甘”。虽然闽侯县城现在还是一个不大的城区，但近年来，闽侯县委、县政府正认真实施县城新区规则，加快县城建设步伐，努力营造整洁、优美、有序的城市环境，实现“融入大福州，打造百强县”的目标。