此机场捷运连结机场各航厦、停车场、长岛铁路和纽约地铁，有以下三条路线：

　　•霍华德滩线(Howard Beach)

　　•牙买加站线(Jamaica Station)

　　•航站环绕线

　　霍华德滩线的终点站位在霍华德滩–肯尼迪机场站(A)，乘客可于Lefferts大道下车搭乘接驳公共汽车到长期租用停车场A和B、机场员工停车场和开往布鲁克林的B15公共汽车站牌。

　　牙买加站线的终点站位于长岛铁路的牙买加站，邻近于纽约地铁的Sutphin大道–Archer大道–肯尼迪机场站(E、J、Z)。牙买加站为两层楼的地铁站，一楼为纽约地铁站，二楼为机场捷运站，由一座中央电梯连结，以方便乘客上下楼。

　　以上两条路线在开往终点站前，都会停靠在Federal Circle站，此站有租车公司和接驳巴士来往于饭店和机场空运区之间。另外，两条路线都会以逆时钟方向绕行机场各航厦。

　　航站环绕线是一个机场旅客捷运系统，有六个航厦停靠站(第一航厦、第二三航厦、第四航厦、第五六航厦、第七航厦、第八九航厦)，但是此路线以顺时钟方向绕行。

　　车站概要

　　站名路线连结

　　A

　　霍华德滩

　　Howard Beach

　　•霍华德滩线 •长期租用停车场C

　　•纽约地铁A线：霍华德滩–肯尼迪机场站

　　Howard Beach–JFK Airport station

　　•纽约大都会运输署公共汽车：Q11

　　B

　　Lefferts大道•霍华德滩线 •乘客上车站

　　•长期租用停车场A和B

　　C

　　Federal Circle•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •租车

　　•饭店接驳车

　　•空运区

　　D

　　牙买加站

　　Jamaica Station

　　•牙买加站线 •纽约地铁E、J/Z线：Sutphin大道–Archer大道–肯尼迪机场)

　　•长岛铁路：长岛铁路牙买加站)

　　•纽约市公共运输局公共汽车和纽约大都会运输署公共汽车：Q6、Q8、Q9、Q20A、Q20B、Q24、Q30、Q31、Q40、Q41、Q43、Q44、Q60、Q65

　　1•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第一航站

　　•绿停车场

　　2 / 3•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第二航站

　　•第三航站

　　•绿停车场

　　4•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第四航站

　　•蓝停车场

　　•纽约市公共运输局公共汽车和纽约大都会运输署公共汽车：Q3、、Q10、B15

　　5 / 6•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第五航站

　　•第六航站

　　•黄停车场

　　7•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第七航站

　　•橘停车场

　　8 / 9•航站环绕线

　　•霍华德滩线

　　•牙买加站线 •第八航站

　　•第九航站

　　•红停车场