黄泥河保护区位于吉林省延边朝鲜族自治州敦化市境内的北部。东经127°51′～128°14′，北纬43°55′～44°06′。北部与黑龙江省三合屯林业局接壤，西部与蛟河市接壤。区内有4个林场。区内自然资源以国有森林为主，交通条件较差，仅有团北及小白两条森林铁路与外界相通，没有公路。保护区位于吉林省准褶皱带，为地壳运动隆起而产生的中山地貌。

居中温带湿润气候区中的冷凉区，区内气候垂直分布，差异明显，土壤垂直分布与森林植被为相互依存关系。海拔500～800米为台地白浆土和白浆化暗棕色森林土，气候和土壤适宜针阔混交林生长。海拔1　300米以上为山地苔原土和棕色针叶土。风大、雾大、降雨量大，特殊的地质、地貌，使极地植物和西伯利亚植物能够保存下来，如偃松、牛皮杜鹃、笃斯樾桔、灰毛柳、红景天、岳桦、高山桧等。保护区总面积为23　476公顷，其中有林地面积为22　631公顷，森林覆盖率为96.4%。

区内森林面积大，林相保存完好，原生性强，生物资源丰富，生物物种有1　590种，是多种珍稀濒危生物的栖息地。由于本区最高海拔不足1　700米，植物垂直带谱较长白山窄小，且各带谱之间的植物交错生长明显，岳桦林稀疏，林下无灌木丛，但草本植物生长茂盛。独特的自然景观，加上有重要的旅游与科研价值，具备建立森林和野生动物类型自然保护区的良好基础。