佳木斯市交通运输业十分发达，是黑龙江省东部地区重要交通枢钮。 黑龙江、松花江、乌苏里江流经境内，三江水量充沛， 境内区段通航里程 1，001公里，三江水运航线全长3，632公里，是全国第二长航运干线。三江水中含沙量小，其中松花江是全国含沙量最小的大河， 也是东北地区最好的水运航线。佳木斯现有民用钢质船舶140艘8万个吨位， 年货运量123万吨。佳木斯境内现有佳木斯、依兰、绥滨等11个港站，其中佳木斯洪年吞吐量120 万吨。 三江水运对佳木斯经济的形成及发展起着重要的作用。长期的发展形成了佳木斯市沿江排列的经济布局。三江沿岸排列着9个县和市区，其中市政府及7个县政府设在三江沿岸。三江航线长期以来一直是佳木斯市的经济运输动脉,沿江10县、区所需的煤炭、石油和外运的木材、粮 食主要通过水路输送。沿江有五个县不通铁路，水运具有十分重要的作用。
　　航空

　　佳木斯市航空运输主要负责运输旅客，有市区通往哈尔滨的航线，机场设施可供20吨以上飞机起落。

　　佳木斯机场已开通至北京、哈尔滨、俄罗斯哈巴罗夫斯克等国内、国际航线,大型国际机场正在筹建。

　　佳木斯至北京每周三、六有航班,10:20起飞,12：05到达北京；北京至佳木斯也是每周三、六有航班,7：50起飞,到达佳木斯时间为9：40。

　　此外,佳木斯至哈巴罗夫斯克每周三、六有航班,11：30起飞,12：40到达；哈巴罗夫斯克至佳木斯也是每周三、六有航班,9：00起飞,10：10到达佳木斯。

　　铁路

　　佳木斯市境内铁路营运里程628公里，市政府及5个县政府设在铁路沿线，因此，铁路对佳木斯地区的经济发展具有特殊的作用。 从工业分布及发展看，沿线各县工业发展成效显著，沿线5县及市区产值占全市工业总产值的88.5%。境内有福前(佳木斯至前进镇)、图佳(图们至佳木斯)绥佳(绥化至佳木斯)、佳鹤(佳木斯至鹤岗)线四条铁路干线由市区向市的东、南、西、北四个方向延伸，其中福前线全长300公里，横贯全市。 全市公路通车里程5，281公里。境内有哈同(至同江市)、哈萝(至 萝北县)、二抚(同江至抚远)等公路干线，干线比重为20%，县级公路比重为20%。由于三江5个月的封江期，下游各县的运输主要依靠公路。

　　公路

　　佳木斯境内有201(鹤岗——大连)和221(哈尔滨——同江)两条国道,其中221国道哈尔滨到佳木斯段已建成了高速公路,佳木斯到同江也建成了高等级公路。

　　佳木斯长途汽车客运站位于站前路146号,问讯电话：8225075。

　　水运

　　全市有 5个国家一类口岸(佳木斯、富锦、同江、抚远、桦川)和佳木斯空港，客货运输可顺黑龙江直下，经鞑靼海峡驶抵日本、韩国、美国和东南亚各国，形成水、陆、空立体交通网。1991年经黑龙江省人民政府批准创建了经济技术开发区，距市中心11公里，规划面积8.68平方公里，设工业、商业、文化娱乐、住宅、别墅等小区。开发区“六通一平”等基础工程已经完工，将为客商提供交通运输、上下水、电力、通讯、供热等基础条件。

　　松花江哈尔滨到佳木斯段,每年夏季还有客轮相通,问讯电话：8315620。