花萼楼占地面积2300平方米，建筑面积2286平方米，属土木结构的圆形建筑。共有三环，内环为一层30个房间，二环为二层60间，外环为三层120间，共有210个房间。楼高11.9米，楼的墙体用生土夯筑而成，底层宽2米。顶层宽1.3米，楼顶为木梁灰瓦。楼的第一层不设窗，第二、三层墙上设有内小外大呈三角的枪眼，整座楼只有一个大门供出入，大门框用厚而宽的花岗岩石板组成，大门板钉上坚厚的铁皮，这些门窗设施是为抵御外人侵扰而特意设计的。楼内有面积为283.4平方米的圆形天井，用大小不等的鹅卵石铺成，中心装饰着一个直径3米的古钱币图案，寓意着人们祈求丰衣足食的心愿。天井一侧有口古井，用于防火和生活之用。楼内还有砻、碓等常用生活设施。整个土楼布局合理、通风采光、冬暖夏凉，现楼内还住着十多户林姓人家。