中华人民共和国成立以后，在党和政府的亲切关怀和大力支持下蒙医药学得到了应有的地位和重视，1958年在内蒙古医学院中医系开设了蒙医专业。20世纪80年代以来，蒙医有了正式的学术刊物和学术组织，发表了很多有关蒙医药学术论文和出版了多部专著，也组织力量撰写了25门蒙医学科的统编教材。踏入新世纪以来，蒙医学百科全书编委会组织蒙医药学专家学者编写出版了《蒙医学百科全书·医学卷》巨著， 组织编写了《蒙医基础理论》《蒙医史》《蒙药学》《蒙医内科学》《蒙医外科学》（正在陆续出版）27门学科的21世纪全国高等医药院校蒙医药（本科）专业教材，使教材建设步入了科学化、规范化、现代化的轨道。此外，蒙医科研水平也得到进一步提升。

到目前为止，全区有内蒙古医科大学、内蒙古民族大学等五所培养蒙医药人才的院校。培养层次有蒙医高职班（专科）、本科（包括蒙医、蒙药、护理）、硕士及博士研究生，已成为完整的蒙医药教学体系。现在在全国各地蒙古族聚居地区都相继建立了蒙医研究机构或蒙医医院，使整个蒙医药学产生了很大的经济效益和社会效益。新中国的蒙医药学已经进入了崭新的发展时期。