藏药学是整个藏医药学体系的重要组成部分，其独特的理论体系和丰富的实践经验，在整个传统医学理论与实践中独树一帜。

根据藏医历史记载，雪域高原的人们在寻找食物的过程中，也逐渐寻找到了解除病痛和缓解疾病的药物。经过历代医家的不断探索和实践，形成了藏医药理学的基础理论和实践方法。

公元8世纪，玉妥·云丹贡布著成《四部医典》，成为当时收录藏药材功效最为完整的一部经典著作。该书为之后的《卓玛本草》《玉妥本草》等藏药典籍的编著提供了有效的理论依据。

藏药材因本质和习性等差异，大体可分为八大类型，即珍宝类药物、石类药物、土类药物、木类药物、精华类药物、湿生草类药物和旱生草类药物。

藏医药学认为，一切药物都由“土、水、火、风、空”五大元素生成。土为药物生长的依靠和根本，水为药物生长所需的汁液，火为药物生长的热能，风为药物生长、运行的动力，空为药物生长、发育的空间。

土性药其性重、稳、钝、柔、润、干，能使身体坚实，主要医治龙病；水性药其性稀、凉、重、润、柔、软，能滋润身体，主要能医治赤巴病；火性药其性辛、锐、干、糙、轻、润、动，能生火热，主要医治培根病；风性药物性轻、动、寒、糙、燥、干，能使身体坚实，精气通行，主要医治培根病和赤巴病；空性药物统帅其他四种药物，遍行全身，主要治疗综合性疾病。其中，火性药和风性药是上行药，土性药和水性药是下行药物。

“土、水、火、风、空”五大元素的作用，使药物具有八性、六味、三化味、十七效能等功效。

所谓八性，即重、腻（润）、凉、钝、轻、糙（粗）、热、锐（速）。六味，即甘、酸、苦、辣、咸、涩。三化味，即药物的六味经过胃液的作用，转化为甘、酸、苦三味。十七效能，即药物的柔、重、热、润、稳、寒、钝、凉、软、稀、干、温、轻、锐、糙、动、燥。

舌对药物的感觉就是味。酸味药能生胃火，增长消化能力，使油脂糜烂稀释，还能顺气；咸味药能使身体坚实，有疏通作用，能治闭塞梗阻症，用以罨熨时则产生胃火，有健胃作用；苦味药能开胃、驱虫、止渴、解毒，能医治麻风、眩晕、瘟疫、赤巴病等疾病，有收敛作用，能使溃烂、大小便干燥，使心智敏锐，能治乳房炎症、声音嘶哑等病；辛味药物能医治血病、赤巴病、脂肪增多症，祛腐生肌、愈合伤口，使皮肤滋润光泽。

藏医药学认为，药物服用后，与胃火相遇，这时培根和赤巴被龙消化，甘味、咸味被消化后变为甘味；酸味处于中间阶段，消化后仍为酸味；苦、辛、涩味消化后变为苦味。消化后的每一种药味能医治两种疾病，即藏医的“三化味”理论。

藏药在临床应用复方较多，单味药则很少。藏医药学认为，用药时必须根据病的属性决定其药的味、性、效来组方。味是主导，性、效是对治关系即因果关系。病有其性，药亦有其性，同性治之，必遭其祸，对性治之，必得其愈。在藏医药学理论中，异性对治是首要原则。同理，温与凉，润与糙，稳与动，轻与重等均为互为对治。因此，配方制剂时，要把药味起作用的药物加在一起，全面考虑，把功效起作用的药味加在一起，消化后变化作用的药物加在一起。