喀拉哈里沙漠的整个西部以长长的沙丘链为其特色，其大致呈北或西北走向。每一个沙丘同其邻丘都由一个宽而平行的凹坑分隔开来，凹坑被当地人称为“街”或“小路”，因为每一个凹坑都便于人行进。卡拉哈里盆地内有卡拉哈里沙丘，为全世界面积最大的沙丘区。但它的气候植被与撒哈拉沙漠又不完全相同，因降水稍多而有一定植被覆盖。卡拉哈里沙漠的气候和植被自西南向东北变化，西部为沙漠，高达100米的沙丘上生长着肉质植物与灌木；北与东北部降雨较多，为热带干草原与热带稀树草原。在短暂的雨季中，植物繁盛，地面覆盖着丰富的草场，还有一片浓密的矮树丛和高大的树林，多羚羊和其他热带动物。