南禅寺在所有日本禅寺中地位极高，被列为京都五山及镰仓五山之上。宽广的禅寺里有许多具有魅力的景点：保存了124片桃山风格的豪华隔扇画的方丈（国宝）、日本三大门之一的三门（重要文化遗产）、法堂、敕使门等等。

另外也有不少意境幽美雅致的庭园，如位于大方丈的禅院式枯山水庭园“虎子渡河”以及位于金地院的枯山水庭园“鹤龟庭”。寺院内收藏有著名画家狩野探幽的门画和饮水虎，也很值得一看。

水路阁是京都琵琶湖疏水工程的一个旧影，琵琶湖疏水是从京都的邻县滋贺县琵琶湖引水到京都的一项运河筑造工程，从滋贺县大津市的三保崎地区取水，引入京都水道家庭用水系统，周围地区的工业用水和农业灌溉均因此获益。南禅寺的水路阁完工于明治21年（1888年），这是明治时期政府蔑视佛教强制不修改疏水渠线路的结果，红色砖墙砌成的拱形桥式水路阁，曾经色彩明烈、结构刚硬，经过百年的磨砺，斑驳的红墙和禅意寺院逐渐融为一体。