本病多见于50岁以上老年人和男性。单纯性厌氧菌肺炎潜伏期为3～4.5天，肺脓肿或脓胸潜伏一般需2周。临床表现差异甚大，可呈一般急性细菌性肺炎表现，患者通常有发热，偶有寒战，咳嗽，咳黄脓性恶臭痰，咯血，常伴有胸痛;也可以起病即呈亚急性、慢性经过或类似结核病的隐匿性感染。40%～60%肺脓肿或脓胸患者可有体重下降或贫血，其中慢性肺脓肿或脓胸几乎都有消瘦、贫血，而在单纯性厌氧菌肺炎则极少出现(5%)，作为厌氧菌感染特征的恶臭脓痰或胸液见于50%～70%的肺脓肿或脓胸，但单纯厌氧菌肺炎仅有4%咳恶臭脓痰。
肺部体征表现为实变或胸腔积液征。慢性肺脓肿常有杵状指(趾)。
有诱发吸入的因素和(或)明确的口腔内容物吸入史，发热，咳恶臭脓痰，胸部X线摄片显示肺炎、肺脓肿改变，临床诊断即可成立。但是，肺部厌氧菌感染可无明显吸入诱因或吸入史;尚有30%～40%患者无咳恶臭脓痰;胸部X线摄片缺乏特异性;确诊需要在尽量避免接触空气条件下采集无污染标本作厌氧菌培养。胸液、血液和应用防污染技术从下呼吸道采集分泌物是通常被推荐的有用标本，必要时可采用。经胸壁肺脓肿穿刺吸引物厌氧菌培养阳性率可达84.5%，而血培养阳性率仅为5%。

厌氧菌肺部感染的临床表现不具有鉴别意义的特征，因此厌氧菌所致的肺炎、肺脓肿及脓胸要与其他细菌所致者相鉴别。