(一)临床症状
1、非淋菌性尿道炎潜伏期为10-20天。
2、起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50%的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。男性非淋菌性尿道炎表现为尿道不适、发痒、烧灼感或刺疼，尿道红肿，尿道分泌物多为浆液状、稀薄、晨起有“糊口”现象。女性非淋菌性尿道炎表现为宫颈的炎症和糜烂、分泌物增多，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)，阴道及外阴瘙痒，下腹不适感。注意：有些病人可无症状或症状不典型，易被漏诊。宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。
3、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性。较长时间不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
4、常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
5、处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠、不育等。
6、新生儿通过感染的产道、生后3-13d可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但多不侵犯角膜。下生后2-3周可发生肺炎。症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。
7、极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
(二)诊断
1、不洁性交史、潜伏期及症状。
2、尿道分泌物涂片及培养排除淋球菌、念珠菌及其他细菌感染。涂片有大量白细胞，10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。
3、尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养。标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置2-3s，然后取出培养。女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。

本病主要应与淋菌性尿道炎相鉴别，后者潜伏期较短，平均3天～5天，尿痛比较严重，分泌物多为脓性，量多，淋球菌检查阳性，而NGU的分泌物多为浆液性或粘液脓性，较稀薄，量少。查不出淋球菌。
非淋菌性尿道炎和淋病有何不同
(1)病原体不同。非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和支原体、白色念珠菌、阴道毛滴虫等，而淋病的病原体是淋病双球菌。
(2)临床症状不同。非淋菌性尿道炎的临床症状是分泌物呈乳白色，以慢性尿道炎的形式表现出来;而淋病的开始症状是自尿道口流出大量黄色脓性分泌物，以急性尿道炎的形式表现出来。