藏毛囊肿无继发感染时可无症状，通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓肿。和其他部位软组织脓肿相似，局部有红、肿、热、痛等急性炎症，多自动穿破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。
原发的管道多在骶尾部中线，其内壁是鳞状上皮，管道在皮下延伸一段距离，一般长约2～3cm，可能有小脓腔，或从原发管道有小的支管分出，脓腔和支管内壁多为肉芽组织，常见到有与周围皮肤不相连的毛发从窦口长出。藏毛腔位于中线，多数呈直线方位，长约1～15cm，腔壁由坚韧纤维组织形成。继发管道可以从主腔分出至皮下组织，常有分泌溢于皮肤表面，多自旁侧头向延伸，少数亦可向肛门延伸，从而易与常见的肛周瘘管相混淆。
藏毛窦或藏毛囊肿的主要诊断标志是骶尾部急性脓肿或有分泌的慢性窦道，局部表现有疼痛、压痛和炎症浸润，检查时在中线位见到藏毛腔。

应与疖、肛瘘和肉芽肿鉴别。疖生长在皮肤，由皮肤突出，顶部呈黄色。痈有多个外孔，内有坏死组织。肛瘘的外口距肛门近，瘘管行向肛门，扪诊有索状物，肛管内有内口，有肛门直肠脓中病史。而藏毛窦的走行方向，多向颅侧，很少向下（图3）。结核性肉芽肿与骨相连，X线检查可见骨质有破坏，身体其他部位有结核性病变。梅毒性肉芽肿有梅毒病史，梅毒血清反应阳性。