1.非洲锥虫病(African trypanosomiasis) 本病初期通常无皮疹表现，有时可于叮咬处皮肤红，肿，压痛，形成结节，可有白晕，持续数天。2周后开始发热、头痛、关节痛、出皮疹等全身症状，瘙痒明显，眼睑及手足等可有短暂性水肿，伴疼痛。
如未经治疗病后1年，当其侵犯中枢神经系统时可有昏睡，严重者可导致死亡。
2.美洲锥虫病(American trypanosomiasis) 急性期可出现一过性荨麻疹，眼结膜常为入侵门户，出现一侧眼睑水肿，结膜炎，泪腺炎，有Romana征(即结膜炎、上下眼睑浮肿与同侧耳前淋巴结炎)。感染后2～3周，部分出现全身症状，如发热、肌痛、局部肿痛、肝脾肿大。可引起心肌炎，脑炎。
心脏的克鲁斯锥虫感染可由心脏组织的病理学检查或动物接种来证实，但病理学诊断阳性率很低，动物接种不能广泛应用，且对于晚期病人亦不敏感，故通常还是根据流行病学资料、血清学检查以及临床表现综合考虑做出诊断，主要标准如下(在非流行地区，应更加严格执行该标准)：
1.曾在Chagas病流行地区居住过。
2.克鲁斯锥虫的血清学试验阳性。
3.心脏临床表现符合Chagas心脏病。
4.各种心脏表现虽可归因于其他心脏病，但并无这些心脏病的证据。锥虫方可确诊。

应与冠心病、特发性扩张型心肌病、酒精性心肌病等鉴别。
1.冠心病 本病与锥虫性心肌炎一样可累及心肌，造成心脏扩大，均可有心律不齐、心力衰竭等。冠心病多见于45岁以上的男人和绝经期后的女性，年龄大者更多见。冠心病往往有多种患病因素，如高脂血症、高血压、糖尿病、肥胖少动、家族史等。而锥虫性心肌病多有曾在克鲁斯锥虫流行地区居住过史，克鲁斯锥虫的血清学实验阳性，往往有Chagas心脏病的临床表现等可与该病进行鉴别。
2.扩张型心肌病 可有家族史，病程长，进展缓慢，扩张型心肌病心脏常明显扩大，可有动脉栓塞现象，病毒分离阴性，血清病毒中和抗体效价无短期内增高，心电图常有各种心律失常，有时可见病理性Q波。晚期可出现心脏扩大和心力衰竭的症状。锥虫性心肌炎有曾在克鲁斯锥虫流行地区居住过史，克鲁斯锥虫的血清学实验阳性和典型的临床症状和体征。
3.酒精性心肌病 该病患者有大量饮酒、长期饮酒史(多持续10年以上，每天纯乙醇量125ml);出现心脏扩大、心律失常、胸痛、血压偏高等改变，晚期可出现充血性心力衰竭。虽与本病的部分症状、体征相近似，但要从流行病史、克鲁斯锥虫的血清学实验阳性及常并发多器官扩张等表现进行鉴别。