清光绪十年七月初三（1884年8月23日），中法马江战役爆发，福建水师惨遭重挫。为纪念为国捐躯的英烈，1885年1月船政大臣裴荫森奉旨在马限山南麓修建昭忠祠，1886年竣工。昭忠祠为两进七柱三开间，五楹穿斗式硬山顶，大厅祀736位阵亡英烈灵位。1920年民国海军及船政学堂校友募捐重修，并将甲午中日海战福建籍阵亡英烈合入置祀，祠西奠为烈士陵园。

1984年重建昭忠祠，与烈士陵园、马限山炮台等合辟为“马江海战纪念馆”，总占地24300平方米，为省级爱国主义教育基地，第四批全国重点文物保护单位。