六朝夯土墙遗址
在博物馆负一层，有一段长25米、宽10米的六朝夯土墙遗址，这是整个博物馆的根，2008年，考古工作者对博物馆所在地块进行发掘时，在地下2米深处发现了这处夯土墙，经考证为1700年前六朝建康宫城的建筑遗址，正是因为这处千年遗址的出土，才有了今天的六朝博物馆。

“千古风流”
六朝博物馆展陈的核心主题是展示“东方大都会”的风采，内设《六朝帝都》、《千古风流》、《六朝风采》和《六朝人杰》四个展览。 一层还设置了“千古风流--三国人物故事文物特展”，聚集了来自南京博物院、苏州博物馆、镇江博物馆等6个博物馆共60多件套三国人物故事题材文物，种类包括书画、瓷器、泥塑、皮影、木雕等。

“六朝风采”
博物馆二层的“六朝风采”展厅内，展出了六朝时期的陶俑、青瓷、墓志、瓦当、石刻等大批珍贵文物。其中有翩翩起舞的男女陶俑。而瓦当上的一个个形似开怀笑脸的图形，也十分喜感。