1、书院前期（唐末至元代）

岳麓自古就是文化名山。西晋以前为道士活动据点。曾建万寿宫、崇真观等。西晋泰始四年（268年）麓山寺创立。东晋陶侃曾建杉庵读书于此。六朝建道林寺。唐代马燧建“道林精舍”。唐末五代智璇等二僧建屋办学，形成书院的雏形。北宋开宝九年（公元976年），潭州太守朱洞因袭扩建，创立岳麓书院；大中祥符八年（公元1015年），宋真宗召见山长周式，赐“岳麓书院”额，岳麓书院遂为全国四大书院之一。南宋时期张栻主教，湖湘学派发展到最盛；乾道三年（公元1167年），朱熹来访，与张栻论学，开书院会讲之先河，由此形成以朱张之学为正宗的学术传统。元承宋制，书院办学继续发展，规制日趋完备。但因元末战乱，书院毁于战火。

2、书院中期（明代）

自明宣德始，经地方官员陈钢、杨茂元、王韬、吴世忠等多次修复扩建，岳麓书院主体建筑第一次集中在中轴线上，主轴线前延至湘江西岸，后延至岳麓山巅，配以亭台牌坊，于轴线一侧建立文庙，形成了书院历史上亭台相济、楼阁相望、山水相融的壮丽景观。书院的讲学、藏书、祭祀三大功能得到了全面的恢复和发展，奠定了现存建筑基本格局。

明代岳麓学术仍以朱张之学为正宗。正德以后，王阳明及其弟子先后至此讲学，传播心学。明末，东林学派高世泰讲学书院，岳麓学术传统重新得以发展。

3、书院后期（清代）

清朝廷为褒扬岳麓办学之功，先后颁赐“学达性天”、“道南正脉”额，并赐帑赐书，将岳麓书院列为省城大书院，在官府的大力扶持下，书院办学规模进一步扩大。同时，大批有名望的学者被聘任山长。书院办学呈蓬勃发展的景象。

1926年2月1日，湖南工专、法专、商专三个专门学校合并成立省立湖南大学，校名匾额悬于岳麓书院大门，并以岳麓书院校舍为第一院。1937年，教育部改省立为国立，下设文、法、理、工、商五个学院。其后，经历了抗日战争的迁校复校。中华人民共和国成立以后，办学规模扩大， 1953年院系调整，改为中南土木建筑学院，1958年改为湖南工学院，1959年复名湖南大学。1978年，国务院确定湖南大学为全国重点大学。今日湖南大学是一所理、工、文、商多学科协调发展的综合性大学。

岳麓书院1956年被列为省级文物保护单位，1979年湖南省政府发文由湖南大学修复和管理岳麓书院。1984年成立岳麓书院文化研究所，隶属湖南大学管理。1988年列为全国重点文物保护单位。此后，二十年间相继获得历史学硕士学位授予权、历史学博士学位授予权、中国哲学博士学位授予权。2005年，湖南大学改岳麓书院文化研究所为岳麓书院，下设中国哲学研究所、历史研究所、中国思想文化研究所、中国书院研究中心和中国软实力文化研究中心等多个部门。学科建设从历史学本科、到历史学硕士研究生、历史学博士研究生、历史学博士后科研流动站，体系基本完备。