一般而言，在所有的闽南语当中，台湾闽南语与厦门话在发音上最为接近。但是，已经有学者指出，从语言形成的角度来看，这两种语言也有以下四个不同的地方：

　　台湾各大城市的居民并非直接由漳州和泉州搬过来的；而厦门的居民则大多直接迁自漳州和泉州。

　　早在17世纪明末清初的时候，大批的移民就已经移居台湾，因此台南建府的时间相当早；而厦门市的急速兴起，则是19世纪五口通商以后的事。

　　台湾由于交通、学校制度、电视、广播事业发达，工商业、征兵、就业、就学所带来人口的流动量和交流量远超过福建，以致于台湾闽南语的内部差异微小，互相通话毫无阻碍。厦门话虽然素有“闽南话的标准话”之威信，范围却只限于厦门市和它的近郊，不论是人口或地域，都不如内部差异微小的台湾闽南语。

　　厦门的住民和泉州、漳州之间的来往从来没有断绝过；而台湾跟祖国大陆居民的往来，曾有清代的海禁、日本的统治、战后的暂时分离等，彼此影响的机会比较小。

　　而历来对于台湾闽南语与厦门话语言本身的比较研究，学者们一致的结论是：虽然台湾闽南语与厦门话都是由漳州话和泉州话混合而成，但二者混杂的方式不太一样。其中在语音及语法上的差异很小，尤其台湾闽南语中的台北话跟厦门话在语音上最为接近。台湾闽南语和厦门话最主要的差异是在词汇方面，约有10﹪的不同（王育德 2002；郑良伟 1987；周长楫 1996；张振兴 1997；梁淑慧 2004）。这些词汇的差异主要表现在以下几个方面：

　　　　两地因受本身自然或文化环境的影响而产生的特有词汇。如：鹤佬话的大甲蔺、在来米、九孔、花枝、唐山……等。

　　对于同一个事物或概念的用词有异。如：“黑板”在台湾闽南语是“乌枋（o·-pang）”，厦门话是“乌牌（o·-pai）”。“钞票”在台湾闽南语是“银票（g？n/g？n-piò）”，厦门话是“纸字（chóa-lī）”……等。

　　有些词语，词义范围的大小不同。如：“乌白（o·-pe？h）”在台湾闽南语可指（a）黑和白。（b）胡乱。如：乌白讲、乌白做。厦门话则无（b）义。又如“古意（kó·-ì）”在台湾闽南语意为“忠厚老实”；厦门话除此意之外，另有“古道热肠”之意。

　　由于两地的华语词（普通话）不同而带来的差异，表现在现代的、科技的词汇上。如：鹤佬话的“电脑”厦门话称为“计算机”。台湾闽南语的“出租车”厦门话称为“出租汽车”……等。

　　台湾闽南语因历史背景而特有的外语借词，尤其是日语借词为数众多，是其他各地闽南语所没有的。如﹕甲（土地面积单位，荷兰语）、放送（广播，日语）、tha-tha-mih（榻榻米，日语）、水道水（自来水，日语）……等。

　　厦门自19世纪中叶成为通商口岸以后，逐渐发展成为闽南地区政治、经济、文化的中心，厦门话也逐渐成为闽南地区的优势方言，取代了早期泉州话、漳州话的地位而被视为是闽南话的代表(周长楫 1996；张振兴，1997)。而台湾在日本侵占时期到40、50年代之间，也确实有把厦门话视为台湾闽南语的标准语并加以仿效的倾向(王育德 2002；郑良伟，1987)。但这种观念在现在已经消失，由台湾民间语言及媒体语言的自然使用、字典词典及教科书的编辑等看来，所使用的都是台湾闽南语而不是厦门话(郑良伟 1987)。