位于焉耆城西北角的高寺是阿拉伯风格与中国传统宫殿特点相结合的一座建筑，在中国传统的装饰格调上又带有阿拉伯雕刻风采，形成了中国清真寺建筑的独特而又美妙的形式。又以其曲折动人的传说和迭荡起伏的经历，而闻名中外伊斯兰界，成为巴音郭楞乃至新疆和中国的一大历史瑰宝。

　　清乾隆年间，陕甘回民被清政府征发平定准噶尔，来焉耆屯垦戍边，回族人民在今焉耆东南建简陋哨麻做礼拜。嘉庆二年(1797)将哨麻改建为老坊寺，光绪四年(1878年)因焉耆回族人民帮助清军战胜阿古柏侵略军有功，清军将领刘锦棠看到老坊寺街前屋后的礼拜人之多，指令在城西北再建一所清真寺。

　　其因建在一个高土台子上，并且比原老坊寺的门楼也高出3米，因此而得名高寺。高寺另一个名符其实的原因是老坊寺不及高寺高大宏伟，许多阿拉伯世界商回大德特别愿意到高寺传经布道，而不愿光顾又旧又小的老坊寺。虽然高寺也几经损坏，它似乎是越加固越高大，民国十六年(1927)，它又一次重修，时任县长王鹭洲写了“原有长在”4个大字的牌匾，以志庆贺，建筑面积达到了880平方米，包括了170平方米的聚礼大殿和水房、住房等，门楼顶上有4根方柱，托着1个拱形顶盖，四周有宝塔形的立柱，柱端有1新月，拱顶上有1层楼台，可容人站立，是独具一格的伊斯兰教形式的宣礼台，近几年又进行全面装修，更显得高大宏伟，神采奕栾。

　　最为曲折的是文化革命初始，几个回族年青的猛男勇女竟然突发奇想要将高寺拆除。北京大学两名历史系学生由于第一天游览过高寺，看到王鹭洲的题字，字体优美，爱慕不已，称赞为王羲之第二，又看到高寺瑰丽无比，早已敬重于心，当听说有人要冒天下之大不韪来拆高寺，赶忙跑来，宣讲国家保护文物的法令，高寺才得以保全，幸免于难。当地的回族老人认为是神意和王鹭洲的“原来有的，一定长在”的哲理救了高寺，把那牌匾珍爱了起来，文化革命后才又让中外游客大饱眼福。

　　而焉耆古老的回族清真寺老坊寺，因文化大革命要规划焉耆，拆除它所在的陕西巷子，它无法幸免。1985才在不远的地方另辟重建，这样一来，更不及高寺寿高于天了，在中外伊斯兰教界，高寺的名声更大了。