从现在已经挖掘出来的文物可以知道，在石器时代的济州岛已经有人类居住，他们主要是居住在洞穴或岩窟中。在这些洞窟中，人们陆陆续续发现了打制石器、磨制石器的残片，甚至完整的石器工具。不仅如此，随着挖掘的进行，还出土了青铜时代和铁器时代的文物，它们与散布于岛内的支石墓、瓮棺墓等遗址一起向人们展示了济州岛的悠久历史。

在济州不仅有着言之凿凿的历史记载，还有许多美丽动人的神话传说，其中有一则就是关于济州岛人起源的。在那混沌初开的太古时期，济州岛还是一片蛮荒景象，有高乙那、良乙那、夫乙那三位神人从汉拿山北边毛兴穴（即三姓穴）地下冒出，他们身披兽衣，以打猎为生。后来，从东海碧浪国乘木舟而来的三位公主，携带牛、马以及五谷种子来到济州岛上与这三位神人共结连理，一起建立村落，开始了种植五谷、畜养牛马的生活。他们被认为是济州岛人的始祖。

据说，到了高乙那的15世孙的时候，济州岛上已经建立了一个叫做“耽罗”的独立国家，并且和当时的新罗王朝有着朝贡关系。不仅如此，据历史记载，耽罗国与当时朝鲜半岛的高丽、百济两国也有外交关系。直至公元1105年，耽罗成为高丽属地，设耽罗郡，并在高丽高宗时改称“济州”。

2006年7月1，济州被名为全国唯一的特别自治道。